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        <title>Impilo Central</title>
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        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>aliview_130</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:aliview_130&amp;rev=1747336058&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de AliView 1.30

Librairies additionnelles

Java, déjà installé.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de AliView:

	*  AliVIew fonctionne au sein d&#039;une archive JAR, prêt è exécuter. On crée un répertoire sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:aragorn1.2.41&amp;rev=1635712583&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2021-10-31T20:36:23+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>aragorn1.2.41</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:aragorn1.2.41&amp;rev=1635712583&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Aragorn 1.2.41

Libraries

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire 

Procédure

	*  On va chercher le fichier du code source et on le place dans un répertoire sous /opt/bio/sources:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:artemis_1820&amp;rev=1747334699&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T18:44:59+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>artemis_1820</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:artemis_1820&amp;rev=1747334699&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Artemis 18.2.0

Librairies additionnelles

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette. Depuis cette nouvelle version d&#039;Artemis, il existe une dépendance stricte à une version de Java supérieure à Java 8.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation des outils d&#039;Artemis:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:barrnap_09&amp;rev=1656428974&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-06-28T15:09:34+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>barrnap_09</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:barrnap_09&amp;rev=1656428974&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Barrnap 0.9

Libraries

	*  Comme Perl est déjà installé, aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire 

Procédure

	*  Le fonctionnement de Barrnap dépend de la présence d&#039;un certain nombre d&#039;applications:
		*  Absolument nécessaires:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bedtools_2311&amp;rev=1722288410&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-29T21:26:50+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>bedtools_2311</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bedtools_2311&amp;rev=1722288410&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Bedtools 2.31.1

Libraries additionnelles

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:

	*  libbz2-dev
	*  python-is-python3



Procédure

	*  Il faut aller chercher le code source sur GitHub:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bioc_321&amp;rev=1747945132&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-22T20:18:52+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>bioc_321</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bioc_321&amp;rev=1747945132&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Bioconductor 3.21

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie au niveau système n&#039;est nécessaire.

	*  Au niveau de R, il s&#039;occupe de tout ;-)

Procédure de l&#039;installation Bioconductor minimale

Bioconductor étant dépendant de R, assurez-vous de l&#039;avoir</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:blast_216&amp;rev=1747335263&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T18:54:23+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>blast_216</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:blast_216&amp;rev=1747335263&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de BLAST 2.13.0+/2.15.0+

Librairies additionnelles

Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire si nous installons les applications exécutables directement.

Procédure

Pendant longtemps, il existait deux versions concurrentes de NCBI BLAST: BLAST et BLAST+, une ré-écriture complète de BLAST en C++. 
Auparavant, le version BLAST était sélectionnée car elle était plus compacte. Cependant, l&#039;équipe du NCBI a décidé d&#039;arrêter tout développement sur cette version. 
Comme notre pol…</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bowtie2_254&amp;rev=1747595071&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
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        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>bowtie2_254</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bowtie2_254&amp;rev=1747595071&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Bowtie2 2.5.4

Librairies additionnelles

	*  Il faut installer les librairies suivantes:
		*  libtbb-dev




Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de Bowtie2 à partir du code source:

	*  Sous /opt/bio/sources, l&#039;archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:clustalomega_124&amp;rev=1720728388&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-11T20:06:28+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>clustalomega_124</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:clustalomega_124&amp;rev=1720728388&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de CLUSTAL OMEGA 1.2.4

Librairies additionnelles

Les librairies suivantes sont nécessaires:

	*  libargtable2-dev



Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de CLUSTAL OMEGA à partir du code source:

	*  On se dirige vers</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:clustalw_21&amp;rev=1720728456&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-11T20:07:36+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>clustalw_21</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:clustalw_21&amp;rev=1720728456&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de CLUSTALW 2.1

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire pour cette installation.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de CLUSTALW à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:emboss_660&amp;rev=1746102023&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-01T12:20:23+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>emboss_660</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:emboss_660&amp;rev=1746102023&amp;do=diff</link>
        <description>Instructions d&#039;installation et de configuration de EMBOSS 6.6.0

 NOTE : l&#039;interface graphique Jemboss ne fonctionne plus avec Java 21, la version de Java utilisée dans Impilo... Le déboggage est possiblement réalisable mais le temps manque :-(

Librairies additionnelles</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fasta3638i&amp;rev=1747335836&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:03:56+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>fasta3638i</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fasta3638i&amp;rev=1747335836&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de FASTA 36.3.8i

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de FASTA à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source est téléchargée et décompressée sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fastp_0241&amp;rev=1747340860&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T20:27:40+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>fastp_0241</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fastp_0241&amp;rev=1747340860&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Fastp 0.24.1

Libraries additionnelles

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler Fastp avec succès:

	*  libdeflate-dev
	*  libisal-dev



Procédure

	*  Il faut aller chercher le code source sur GitHub:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fastqc_0121&amp;rev=1687376141&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2023-06-21T19:35:41+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>fastqc_0121</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:fastqc_0121&amp;rev=1687376141&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de FastQC 0.12.1

Libraries additionnelles

FastQC nécessite une installation Java, déjà installé.

Procédure

	*  Il faut aller chercher le code source:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire bedtools2 appartient à root avec les bonnes permissions:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gepard_210&amp;rev=1720380264&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-07T19:24:24+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>gepard_210</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gepard_210&amp;rev=1720380264&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de GEPARD 2.1.0

Librairies additionnelles

Java, déjà installé.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de GEPARD:

	*  GEPARD fonctionne au sein d&#039;une archive JAR, prêt è exécuter. On crée un répertoire sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gffcompare_0126&amp;rev=1657120314&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-07-06T15:11:54+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>gffcompare_0126</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gffcompare_0126&amp;rev=1657120314&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de GFFcompare 0.12.6

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de GFFcompare à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gffread_0127&amp;rev=1657120297&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-07-06T15:11:37+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>gffread_0127</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:gffread_0127&amp;rev=1657120297&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de GFFread 0.12.7

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de GFFread à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221&amp;rev=1770826262&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2026-02-11T16:11:02+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>hisat2_221</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221&amp;rev=1770826262&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de HISAT 2 2.2.1

Librairies additionnelles

	*  Pour assurer la bonne compilation sur un ordinateur en architecture ARM64, il faut installer les librairies ou applications  suivantes:
		*  libsimde-dev
		*  quilt

	*  Comme on n&#039;utilise pas</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hmmer_24i&amp;rev=1747337245&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:27:25+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>hmmer_24i</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hmmer_24i&amp;rev=1747337245&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de HMMER 2.4i

Libraries

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire 

Procédure

	*  On va chercher l&#039;archive:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire hmmer-2.4i  appartient à root  avec les bonnes permissions:



	*  Si vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes avant de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ./configure puisse fonctionner:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hmmer_34&amp;rev=1747337376&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:29:36+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>hmmer_34</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hmmer_34&amp;rev=1747337376&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de HMMER 3.4

Libraries

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire 

Procédure

	*  On va chercher l&#039;archive:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire hmmer-3.4  appartient à root  avec les bonnes permissions:



	*  On compile HMMER avec la valse habituelle:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:igv_2194&amp;rev=1747334854&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T18:47:34+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>igv_2194</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:igv_2194&amp;rev=1747334854&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de IGV 2.19.4

Librairies additionnelles

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette. 

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de IGV:

	*  Il faut télécharger l&#039;archive sans Java du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160&amp;rev=1747778477&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-20T22:01:17+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>imagej_2160</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160&amp;rev=1747778477&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de ImageJ 2.16

Librairies additionnelles

	*  Le fichier téléchargé vient avec son propre JRE, donc rien de plus à installer.

Procédure

Note : Fiji contient l&#039;ensemble des librairies et modules compatibles pour ImageJ et il est possible que certains d&#039;entres eux ne soient pas compatibles sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:infernal_115&amp;rev=1747336987&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:23:07+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>infernal_115</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:infernal_115&amp;rev=1747336987&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Infernal 1.1.5

Librairies additionnelles

Aucune librairie additionnelle est nécessaires.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation Prodigal à partir du code source:

	*  Il faut aller chercher l&#039;archive du code source et compiler l&#039;application sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jalview_21141&amp;rev=1747336227&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:10:27+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>jalview_21141</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jalview_21141&amp;rev=1747336227&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de JalView 2.11.4.1

Librairies additionnelles

Si vous avez installé Java 11 tel que présenté, aucune autre librairie n&#039;est nécessaire.

Procédure

	*  L&#039;installation conventionnelle de JalView passe par une application d&#039;installation créée via InstallAnywhere.  Cependant, ça pose un problème dans le moment car le processus demande Java 8, une version plutôt gériatrique, et ça demande de passer de Java 11 à Java 8 pour revenir à Java 11</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jchempaint_34&amp;rev=1746967214&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-11T12:40:14+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>jchempaint_34</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jchempaint_34&amp;rev=1746967214&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de JChemPaint 3.4

Librairies additionnelles

Java, déjà installé.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de JChemPaint:

	*  On crée un répertoire sous /opt/bio/sources pour l&#039;y mettre et on paramètre les permissions:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jellyfish_231&amp;rev=1747654480&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-19T11:34:40+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>jellyfish_231</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jellyfish_231&amp;rev=1747654480&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Jellyfish 2.3.1

Libraries additionnelles

Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire.

Procédure

	*  Il faut aller chercher le code source sur GitHub:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire jellyfish-2.3.1 appartient à</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:mafft_7526&amp;rev=1747937291&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-22T18:08:11+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>mafft_7526</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:mafft_7526&amp;rev=1747937291&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de MAFFT 7.526

Librairies additionnelles

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de MAFFT à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:muscle_53&amp;rev=1747335812&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:03:32+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>muscle_53</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:muscle_53&amp;rev=1747335812&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de MUSCLE 5.3

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie additionnelle nécessaire si les librairies nécessaire pour la compilation sont installées.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de MUSCLE à partir du code source:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:picard_340&amp;rev=1747341486&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T20:38:06+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>picard_340</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:picard_340&amp;rev=1747341486&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Picard 3.0

Libraries

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire à part Java, déjà installé.

Procédure

Procédure

	*  On doit se créer un nid sous /opt/bio/sources et on va chercher l&#039;archive JAR sur GitHub:



	*</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:primer3_261&amp;rev=1732198455&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-11-21T14:14:15+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>primer3_261</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:primer3_261&amp;rev=1732198455&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Primer3 2.6.1

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de Primer3 à partir du code source:

	*  Sous /opt/bio/sources, on télécharge la toute dernière version du code source en utilisant sur GitHub:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prodigal_263&amp;rev=1656429132&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-06-28T15:12:12+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>prodigal_263</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prodigal_263&amp;rev=1656429132&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Prodigal 2.6.3

Librairies additionnelles

Aucune librairie additionnelle est nécessaires.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation Prodigal à partir du code source:

	*  Il faut aller chercher l&#039;archive du code source et compiler l&#039;application sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prokka_1145&amp;rev=1747342290&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T20:51:30+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>prokka_1145</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prokka_1145&amp;rev=1747342290&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Prokka 1.14.5

Libraries

	*  Pour faire fonctionner Prokka, il faut s&#039;assurer d&#039;avoir installer la librairie BioPerl, ce qui devrait avoir été fait dans une installation Impilo. Il vous faut ajouter les librairies suivantes:
		*  libdatetime-perl 
		*</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:pymol_310&amp;rev=1747339701&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T20:08:21+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>pymol_310</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:pymol_310&amp;rev=1747339701&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Pymol 3.2.0a

Librairies additionnelles

	*  Les librairies suivantes sont nécessaires:

	*  git
	*  python3-dev 
	*  libglew-dev 
	*  libpng-dev 
	*  libfreetype6-dev 
	*  libxml2-dev 
	*  libmsgpack-dev 
	*  python3-pyqt5.qtopengl</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:qualimap_23&amp;rev=1687375757&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2023-06-21T19:29:17+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>qualimap_23</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:qualimap_23&amp;rev=1687375757&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Qualimap 2.3

Libraries additionnelles

	*  Il vous faut une installation de Java fonctionnelle, ce qui devrait déjà être le cas.
	*  Il faut également une installation fonctionnelle de R, ce qui devrait déjà être le cas.
	*  Il faut aussi installer les librairies suivantes pour certains es packages R nécessaires (voir ci-dessous):</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:r_450&amp;rev=1765128042&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-12-07T17:20:42+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>r_450</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:r_450&amp;rev=1765128042&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de R 4.5.0

Librairies additionnelles

	*  Il vous faudra les librairies suivantes:

	*  gfortran
		*  libreadline6-dev
		*  libpng-dev
		*  libtiff5-dev
		*  libjpeg8-dev
		*  libcairo2-dev
		*  libxt-dev
		*  xorg-dev
		*  tcl-dev
		*</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:rnamotif_311&amp;rev=1656447627&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-06-28T20:20:27+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>rnamotif_311</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:rnamotif_311&amp;rev=1656447627&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de RNAMotif 3.1.1

Librairies additionnelles

Il vous faudra ceci:

	*  bison
	*  flex



De plus, il faut maintenant le client git mais il devrait déjà être installé ;-)

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de RNAMotif à partir du code source:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:rsem_133&amp;rev=1625249846&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2021-07-02T18:17:26+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>rsem_133</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:rsem_133&amp;rev=1625249846&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de RSEM 1.3.3

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de RSEM à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:salmon_1101&amp;rev=1722098727&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-27T16:45:27+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>salmon_1101</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:salmon_1101&amp;rev=1722098727&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Salmon 1.10.1

Des changements dans l&#039;environnement de développement+compilation oblige le changement de certains fichiers source pour permettre une compilation réussie...

Librairies additionnelles

	*  Il faut commencer par s&#039;assurer que la librairie</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121&amp;rev=1747341865&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T20:44:25+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>samtools_121</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121&amp;rev=1747341865&amp;do=diff</link>
        <description>Instruction d&#039;installation de SAMtools 1.21

Librairies additionnelles

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

	*  libncurses-dev
	*  libbz2-dev



Procédure

Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:seqmonk_1481&amp;rev=1656605988&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2022-06-30T16:19:48+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>seqmonk_1481</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:seqmonk_1481&amp;rev=1656605988&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de SeqMonk 1.48.1

Libraries

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire; SeqMonk fournit son propre environnement Java. 

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de SeqMonk du site Web:

	*  Il faut aller chercher l&#039;archive sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:spades_410&amp;rev=1747595364&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-18T19:09:24+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>spades_410</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:spades_410&amp;rev=1747595364&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de SPAdes 4.1

Libraries additionnelles

	*  Il faut s&#039;assurer d&#039;avoir les libraries suivantes:
		*  g++ (déjà disponible car le meta-package build-essential le contient)
		*  cmake
		*  zlib1g-dev
		*  libbz2-dev




	*  Il faut aussi avoir une version de Python supérieure à 3.8 mais sur une installation Impilo basée sur Ubuntu 24.04, ce n&#039;est pas un problème.</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321&amp;rev=1777236625&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2026-04-26T20:50:25+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>sratoolkit_321</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321&amp;rev=1777236625&amp;do=diff</link>
        <description>Instruction d&#039;installation de SRA Tools 3.2.1

Librairies additionnelles

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

	*  flex
	*  bison
	*  cmake
	*  doxygen
	*  git
	*  libxml2-dev



Procédure

Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:stringtie_300&amp;rev=1747338861&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:54:21+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>stringtie_300</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:stringtie_300&amp;rev=1747338861&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de StringTie 3.0.0

Libraries

	*  Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire

Procédure

	*  On va chercher l&#039;archive:



	*  Il faut s&#039;assurer que le répertoire stringtie-3.0.0 appartient à root avec les bonnes permissions:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:subread_211&amp;rev=1747339028&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:57:08+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>subread_211</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:subread_211&amp;rev=1747339028&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Subread 2.1.1

Librairies additionnelles

	*  Aucune librairie additionnelle n&#039;est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation du package Subread à partir du code source:

	*  L&#039;archive du code source a été téléchargé du site web sous</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:tcoffee_13.46.0.919e8c6b&amp;rev=1720727773&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-07-11T19:56:13+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>tcoffee_13.46.0.919e8c6b</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:tcoffee_13.46.0.919e8c6b&amp;rev=1720727773&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de T-COFFEE 13.45.0

Librairies additionnelles

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de T-COFFEE à partir du code source:

	*  On doit aller chercher l&#039;archive du code source et la décompress.:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trimmomatic_039&amp;rev=1625249737&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2021-07-02T18:15:37+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>trimmomatic_039</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trimmomatic_039&amp;rev=1625249737&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Trimmomatic 0.39

Librairies additionnelles

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de Trimmomatic:

	*  Il faut télécharger l&#039;archive du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trinity_2152&amp;rev=1732309186&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2024-11-22T20:59:46+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>trinity_2152</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trinity_2152&amp;rev=1732309186&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de Trinity 2.15.2

Librairies additionnelles

Il faut installer un compilateur supplémentaire, cmake, en plus de make:



Il faut aussi s&#039;assurer d&#039;avoir les applications suivantes installées et accessibles dans $PATH:

	*  bowtie2 (installé</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012&amp;rev=1777581952&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2026-04-30T20:45:52+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>trnascan_2012</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012&amp;rev=1777581952&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de tRNAscan-SE 2.0.12

Librairies additionnelles

Aucune librairie additionnelle est nécessaires. Cependant, il vous faudra avoir installer Infernal pour ne pas avoir d&#039;erreur dans l&#039;exécution...

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de tRNAscan-SE à partir du code source:</description>
    </item>
    <item rdf:about="https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:vienna_270&amp;rev=1747338491&amp;do=diff">
        <dc:format>text/html</dc:format>
        <dc:date>2025-05-15T19:48:11+00:00</dc:date>
        <dc:creator>Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com)</dc:creator>
        <title>vienna_270</title>
        <link>https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:vienna_270&amp;rev=1747338491&amp;do=diff</link>
        <description>Installation de ViennaRNA Package 2.7.0

Librairies additionnelles

Aucune librairie supplémentaire n&#039;est nécessaire pour cette installation.

Procédure

Voici la procédure suivi pour l&#039;installation de ViennaRNA Package à partir du code source:</description>
    </item>
</rdf:RDF>
