Impilo Central - fr:install:bin_app_repository

aliview

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-01T18:52:41+00:00

Aliview Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.ormbunkar.se/aliview/ * License: GNU GPL v3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.30 Impilo 24.04 A24 1.28 Instructions d'usage * À venir

aragorn

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-22T20:14:30+00:00

Aragorn Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://www.trna.se/ARAGORN/ * License: Inconnue... Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.2.41 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

artemis

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-22T21:04:38+00:00

Artemis Introduction Artemis Carver T, Berriman M, Tivey A, Patel C, Böhme U, Barrel, B. G., Parkhill, J. & Rajandream, M.A., 2008. Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database.. Bioinformatics, 24, pp.2672-2676. Carver T., Harris S. R., Berriman M., Parkhill J. & McQuillan J. A., 2012. Artemis: an integrated platform for visualization and analysis of high-throughput sequence-based experimental data.. Bioinformatics

barrnap

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:24:23+00:00

Barrnap Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://github.com/tseemann/barrnap * License: GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 0.9 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

bedtools

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T20:26:16+00:00

Bedtools Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://bedtools.readthedocs.io/en/latest * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.31.1 Instruction d'usage * Plus à venir... Références

bioconductor

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-22T20:19:27+00:00

Bioconductor Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.bioconductor.org * License: selon les modules, mais un mélange de Artistic 2.0, GPL v.2 et BSD Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 3.21 Instruction d'usage

blast

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-12-18T20:06:40+00:00

NCBI BLAST Introduction * Le logiciel Basic Local Alignment Search Tool mieux connu sous le nom de BLAST Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W. & Lipman, D.J., 1990. Basic local alignment search tool.. J. Mol. Biol., 215, pp.403-410., est probablement l'outil le plus utilisé de la bio-informatique. Utilisant une base de données de séquences connues qui ont été indexées, il recherche des alignements locaux entre ces séquences et une séquence inconnue, faite de nucléotides ou de d'acide…

bowtie2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-18T19:04:51+00:00

Bowtie 2 Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml * License: GNU General Public License v3.0 * Noter qu'aucun fichier indexé de génome n'est inclus dans cette installation. L'installation des fichiers d'index est la responsabilité de l'usager; des fichiers tout prêts se trouvent sur le

clustalomega

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CLUSTAL OMEGA Introduction * Clustal Omega est une version améliorée de ClustalW, utilisant des profils HMM pour améliorer autant les performances en précision qu'en vitesseF. Sievers, A. Wilm, D. Dineen, T. J. Gibson, K. Karplus, W. Li, R. Lopez, H. McWilliam, M. Remmert, J. Söding, J. D. Thompson and D. G. Higgins, 2011.

clustalw

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CLUSTALW Introduction * ClustalW est un des premiers logiciels d'alignements multiples à avoir montré des performances acceptables, autant en précision qu'en vitesse d'opération D. G. Higgins and P. M. Sharp, 1988. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene, 73, pp.237-244.. Longtemps resté en plan, la version 2 est apparu au début des années 2000 avec de nouvelles approches et une amélioration des performances en précision et en vitesse

emboss

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EMBOSS Introduction La suite EMBOSSRice, P., Longden, I. & Bleasby, A., 2000. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite.. Trends in Genetics, 16, pp.276-277. est un ensemble d'outils capables d'effectuer une ensemble de tâches très diverses sur des séquences biologiques.

fasta

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FASTA Introduction * FASTA W. R. Pearson and D. J. Lipman, 1988. Improved tools for biological sequence comparison. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85, pp.2444-2448.W. R. Pearson, 1996:. Effective protein sequence comparison. Methods Enzymol., 266, pp.227-258.W. R. Pearson, T. Wood, Z. Zhang and W. Miller, 1997. Comparison of DNA sequences with protein sequences. Genomics, 46, pp.24-36.

fastp

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T20:28:05+00:00

Fastp Introduction * Fastp est un logiciel combinant analyse de la qualité et filtrage des séquences pour les fichiers provenant des applications de séquençage de nouvelle génération tel Illumina Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y. & Gu, J., 2018.

fastqc

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FastQC Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ * License: GNU GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A24 0.12.1 Instruction d'usage * Plus à venir... Références

gepard

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GEPARD Introduction GEPARD (GENOME PAIR RAPID DOTTER) Jan Krumsiek, Roland Arnold & Thomas Rattei, 2007. Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale.. Bioinformatics, 23, pp.1026–1028. est un outil de d'alignement dot matrix, capable de le faire à l'échelle génomique. Informations générales

gffcompare

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GFFcompare Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: * License: License MIT Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 0.12.6 Instructions d'usage * À venir… Références

gffread

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:50:11+00:00

GFFread Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: * License: License MIT Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 0.12.7 Instructions d'usage * À venir… Références

hisat2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-18T19:07:29+00:00

HISAT 2 Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web:https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ * License: GNU General Public License v3.0 * Noter qu'aucun fichier indexé de génome n'est inclus dans cette installation. L'installation des fichiers d'index est la responsabilité de l'usager; des fichiers tout prêts se trouvent sur le site de

hmmer2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:27:46+00:00

HMMER2 Introduction * HMMER2 est l'application par excellence dans l'application des principes des modèles de Markov cachés (voir ici et ici). Cette version est la plus récente de la branche HMMER2 et ne possède pas l'accélération procurée par la vectorisation dans une architecture x86_64 mais pourra être compilée sur un ordinateur ARM comme le Raspberry Pi

hmmer3

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-19T15:05:20+00:00

HMMER3 Introduction * HMMER3 est l'application par excellence dans l'application des principes des modèles de Markov cachés (voir ici et ici). Cette vision est la plus récente, accélérée en utilisant des attributs de vectorization construits à même les processeurs avec une architecture x86_64 ou ARM64.

igv

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Integrated Genome Viewer Introduction Integrated Genome Viewer (IGV) James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz and Jill P. Mesirov, 2011. Integrative Genome Viewer. Nature Biotechnol., 29, pp.24-26.Helga Thorvaldsdóttir, James T. Robinson and Jill P. Mesirov, 2013.

imagej

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ImageJ Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://imagej.net/ImageJ2 et http://fiji.sc/Fiji * License: logiciel libre du domaine public Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.16.0 Instructions d'usage * Il existe un guide en ligne incroyablement complet, expliquant le fonctionnement de ImageJ en long et en large:

infernal

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-19T14:41:07+00:00

Infernal Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://eddylab.org/infernal/ * License: License BSD Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.1.5 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

jalview

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:10:44+00:00

Jalview Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.jalview.org * License: GNU GPL v2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.11.4.1 Instructions d'usage * À venir... Références *

jchempaint

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-22T20:21:05+00:00

JChemPaint Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://jchempaint.github.io/ * License: GNU LGPL v.2.1 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 3.4 Instructions d'usage * À venir... Références

jellyfish

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-19T11:33:50+00:00

Jellyfish Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html * License: LIcense double sousGNU GPL v.3 et 3-clause BSD Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.3.1 Instruction d'usage * Plus à venir

mafft

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-22T18:12:32+00:00

MAFFT Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ * License: MAFFT seul est couvert sous BSD; les programmes annexes sont couvert sous un ensemble de licenses. Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25

muscle3

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T18:57:57+00:00

MUSCLE Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.drive5.com/muscle * License: Logiciel du domain public Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 5.3 Instructions d'usage * À venir

picard

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Picard Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://broadinstitute.github.io/picard/ * License: MIT License Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 3.4.0 Instructions d'usage * À venir… Références *

primer3

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Primer3 Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://primer3.org * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.6.1 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

prodigal

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Prodigal Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://github.com/hyattpd/Prodigal * License: License: GNU GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.6.3 Instructions d'usage * À venir... Références

prokka

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Prokka Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://github.com/tseemann/prokka * License: GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.14.5 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

pymol

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T20:08:42+00:00

Pymol Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.pymol.org * License: Libre et gratuit à la condition de ne pas changer les notices de copyright Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 3.1.0 Instructions d'usage * Plus à venir... Références

qualimap

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Qualimap Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://qualimap.bioinfo.cipf.es * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.3 Instruction d'usage * Plus à venir... Références

r

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R Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.r-project.org * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 4.5.0 Instructions d'usage Il est possible d'obtenir de l'information sur les différentes classes et méthodes de deux manières:

rnamotif

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RNAMotif Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://casegroup.rutgers.edu/ * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 3.1.1 Instructions d'usage * À venir... Références *

rsem

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RSEM Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://deweylab.github.io/RSEM/ * License: GNU General Public License v. 3.0 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.3.3 Instructions d'usage * À venir… Références

salmon

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Salmon Introduction * Salmon est un logiciel de quantification de transcrits par agglomération, sans avoir besoin d'alignements préalables. Informations générales * Site web: https://combine-lab.github.io/salmon/ * License: GNU General Public License v. 3.0 Instructions d'installation Version Impilo

samtools

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SAMtools Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web:http://www.htslib.org * License: License MIT/Expat Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.21 Instructions d'usage * À venir… Références *

seqmonk

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T20:25:33+00:00

SeqMonk Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: * License: GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 1.48.1 Instructions d'usage * À venir… Références * À venir…

spades

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-18T19:09:45+00:00

SPAdes Introduction * SPAdes est un logiciel d'assemblage de novo de séquences obtenues par diverses méthodes de séquençage à haut débit, capable d'associer des séquences courtes (par ex.: Illumina) ou longues (par ex.: PacBio et Nanopore); il possède aussi des méthodes d'analyse métagénomique.

sratoolkit

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NCBI SRA Toolkit Introduction La suite de logiciels SRA Toolit du NCBI permet d'obtenir les fichiers de la base de données Sequence Read Archive du NCBI et d'en extraire les fichiers sous diverses formes, incluant en format FASTQ. Informations générales

stringtie

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:52:22+00:00

StringTie Introduction * StringTie est un logiciel permettant de cartographier les transcrits retrouvés dans une expérience de RNASeqPertea M., Pertea G. M., Antonescu C. M., Chang T. C., Mendell J. T. & Salzberg S. L., 2015. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads. Nature Biotechnology

subread

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Subread Introduction * Plus à venir.. Informations générales * Site web: http://subread.sourceforge.net * License: GNU GPL v.3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.1.1 Instructions d'usage * À venir… Références

tcoffee

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T-COFFEE Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://www.tcoffee.org * License: GNU GPL v3 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 13.46.0.919e8c6b Instructions d'usage * À venir... Références *

trimmomatic

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T20:25:24+00:00

Trimmomatic Introduction * Trimmomatic Bolger, A. M., Lohse, M. & Uradel, B., 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.. Bioinformatics, 30(15), pp.2114-2120. est une application qui permet de simultanément: * Retirer les séquences FASTQ qui sont globalement de basse qualité;

trinity

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-18T19:10:35+00:00

Trinity Introduction * Trinity Haas B.J.., Papanicolaou A., Yassour M., Grabherr M., Blood P.D., Bowden J., Couger M.B., Eccles D., Li B., Lieber M., MacManes M.D., Ott M., Orvis J., Pochet N., Strozzi F., Weeks N., Westerman R., William T., Dewey C.N., Henschel R., LeDuc R.D., Friedman N. & Regev A., 2013.

trnascan

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-19T15:04:40+00:00

tRNAscan-SE Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ * License: GNU GPL v.2 Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A24 2.0.12 Instructions d'usage * À venir... Références

vienna

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-05-15T19:48:20+00:00

ViennaRNA Package Introduction * Plus à venir... Informations générales * Site web: https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ * License: logiciel libre Instructions d'installation Version Impilo Version installée Impilo 24.04 A25 2.7.0 Instructions d'usage * À venir