https://impilo.diploide.net/ 2026-04-09T07:25:06+00:00 https://impilo.diploide.net/ https://impilo.diploide.net/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:rnaseq:align:align_main&rev=1622316955&do=diff Pré-analyse : Alignements des séquences Introduction Protocole Préparation d'un fichier d'ARN contaminants La plupart de préparations d'ARN pour séquences seront contaminés avec de l'ARN ribosomique et/ou de l'ARN de transfert. Afin d'optimiser les alignements obtenus, il est désirable de les filter hors des alignements finaux. Cependant, comment créer le fichier de données pour l'aligneur? text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:rnaseq:align:bam_qual_analysis&rev=1622316955&do=diff Comment trouver les valeurs de qualité et en exploiter l'information Introduction Comme mentionné ailleurs, les aligneurs de séquence pour RNASeq ont une manière très particulière de "calculer" la qualité des alignements obtenus… Il peut devenir nécessaire de voir la distribution des valeurs de qualité non seulement pour juger du résultat de l'alignement mais aussi pour connaitre la valeur extrême utilisée pour identifier les text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:rnaseq:align:contaminant_rna_file_creation_ucsc&rev=1622316955&do=diff Comment créer un fichier d'ARN contaminant en utilisant les ressources du Genome Browser de UCSC Introduction * Le site Genome Browser de UCSC est une référence établie dans le domaine des données génimuiques en tout genre. Grâce à sa base de données, il est possible d'afficher plusieurs types d'informations sous forme de pistes ( communément appelées text/html 2023-03-08T21:16:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:rnaseq:align:filter_bad_align&rev=1678310207&do=diff Filtrage des alignements basé selon leur qualité Introduction Il est quasi-impossible de tout aligner: beaucoup de vos séquences proviendront de séquences répétitives, donc difficiles à placer ou bien, si vous utilisez un séquençage paired-end