Impilo Central - fr:impilopedia:genex:microarrays:qc https://impilo.diploide.net/ 2026-04-09T07:25:26+00:00 Impilo Central https://impilo.diploide.net/ https://impilo.diploide.net/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) 2colors_aqm https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:2colors_aqm&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librairie arrayQualityMetrics() pour les données de puces à 2 couleurs text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) affy_affyplm_qc https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:affy_affyplm_qc&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librairie affyPLM() pour le contrôle de qualité Introduction La librairie affyPLMaffyPLM: Model Based QC Assessment of Affymetrix GeneChips sert principalement à faire la normalisation des données brutes provenant de puces Affymétrix. Elle utilise une technique de normalisation impliquant la création d'un modèle mathématique permettant de décrire les données pour chaque puce. Certaines des valeurs calculées durant le processus de création de ce modèle permette… text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) affy_affyqcreport https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:affy_affyqcreport&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librairie affyQCReport() Introduction La librarie affyQCReportQC Report Generation for affyBatch objects permet la création automatique d'un rapport de contrôle de qualité qui comprend plusieurs des méthodes retrouvées dans le duo affy/simpleaffy: boîte à moustache, graphe de contrôle de qualité des sondes QC Affymetrix, etc. Il ajoute un test de corrélation par rang de Spearman, très intéressant pour juger des relations entre les puces; par exemple, est-ce qu… text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) affy_aqm_affy https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:affy_aqm_affy&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librairie arrayQualityMetrics() pour les données Affymetrix Introduction La librairie arraQualityMetrics arrayQualityMetrics: Quality metrics on microarray data setsKaufmann, A. & Huber,W., 2010. Microarray data quality control improves the detection of differentially expressed genes. Genomics, 95, pp.138 - 142. est vraiment l'über-outil par excellence et celui qui devrait à terme remplacer presque tous les autres. Comprenant les méthodes incluses dans text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) affy_simpleaffy https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:affy_simpleaffy&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation des librairies affy() simpleaffy() Introduction La librarie affyaffy: Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays est le point d'entrée de l'analyse des données Affymetrix dans R; c'est à travers elle que la lecture et la normalisation des données se font. Elle procure également certaines métriques de contrôle de la qualité: text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) illumina_aqm https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:illumina_aqm&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librairie arrayQualityMetrics() pour les données Illumina * Plus à venir... text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) illumina_lumi https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:illumina_lumi&rev=1622316955&do=diff R/Bioconductor: Utilisation de la librarie lumi() pour le contrôle de la qualité Introduction La librarie lumi dispose de plusieurs métriques de contrôle de la qualité et accessibles via la fonction plot(). Notez bien: il vous faudra accéder à R soit au travers de l'installation locale (sur Mac text/html 2021-05-29T19:35:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) qc_main https://impilo.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:qc_main&rev=1622316955&do=diff Contrôle de la qualité des données d'expression génique Introduction Les plateformes de criblage de l'expression génique à haut débit sont des techniques puissantes mais aussi sensibles à plusieurs éléments de variabilité, autant de nature biologique que de nature technique: