Trimmomatic
Introduction
- Trimmomatic (1) est une application qui permet de simultanément:
- Retirer les séquences FASTQ qui sont globalement de basse qualité;
- D'élaguer les portions de faible qualité des séquences FASTQ;
- De retirer les section des séquences qui sont des complémentaires aux amorces canoniques Illumina
- Trimmomatic est capable de filter des fichiers de séquences paired-end en retirant successivement les séquences de basse qualité dans chacun tout en préservant l'ordre et le pairage.
Informations générales
Site web: http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
License: GNU LGPL v.3
Instructions d'installation
Instruction d'usage
- Plus à venir…
Références
(1)
Bolger, A. M., Lohse, M. & Uradel, B., 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.. Bioinformatics, 30(15), pp.2114-2120.