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StringTie

Table des matières

StringTie

Introduction

StringTie est un logiciel permettant de cartographier les transcrits retrouvés dans une expérience de RNASeq(1,2).

Informations générales

Site web: http://www.ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml

License: MIT License

Instructions d'installation

Version Impilo	Version installée
Impilo 24.04 A25	3.0.0
Impilo 22.04 A23	2.2.1

Instructions d'usage

À venir…

Références

(1, Pertea M., Pertea G. M., Antonescu C. M., Chang T. C., Mendell J. T. & Salzberg S. L., 2015. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads. Nature Biotechnology, 33, pp.290–295.

2) Pertea M., Kim D., Pertea G. M., Leek J. T. & Salzberg S. L., 2016. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown. Nature Protocols, 11, pp.1650-1667.