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Fastp

Table des matières

Fastp

Introduction

Fastp est un logiciel combinant analyse de la qualité et filtrage des séquences pour les fichiers provenant des applications de séquençage de nouvelle génération tel Illumina (1,2).

Informations générales

Site web: https://github.com/OpenGene/fastp

License: MIT License

Instructions d'installation

Version Impilo	Version installée
Impilo 24.04 A25	0.24.1
Impilo 24.04 A24	0.24.0

Instruction d'usage

Les procédures d'utilisation détaillées se trouvent à https://github.com/OpenGene/fastp

Références

(1, Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y. & Gu, J., 2018. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics, 34, i884–i890.

2) Chen, S., 2023. Ultrafast one-pass FASTQ data preprocessing, quality control, and deduplication using fastp. iMeta, 2, e107.