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FASTA

Table des matières

FASTA

Introduction

FASTA (1,2,3,4) est un des plus anciens programmes d'alignement de séquences pairwise par heuristique et un des premiers à avoir introduit la notion de signification statistique dans l'évaluation des alignements obtenus.

Informations générales

Site web: http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml

License: Apache License, v.2

Instructions d'installation

Version Impilo	Version installée
Impilo 24.04 A25	36.3.8i
Impilo 24.04 A24	36.3.8i

Instructions d'usage

W. R. Pearson est l'auteur de deux chapitres du répertoire de protocoles en bioinformatique Current Protocols in Bioinformatics:
- Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA (5)
- Selecting the Right Similarity-Scoring Matrix (6)

Références

(1, W. R. Pearson and D. J. Lipman, 1988. Improved tools for biological sequence comparison. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85, pp.2444-2448.

2, W. R. Pearson, 1996:. Effective protein sequence comparison. Methods Enzymol., 266, pp.227-258.

3, W. R. Pearson, T. Wood, Z. Zhang and W. Miller, 1997. Comparison of DNA sequences with protein sequences. Genomics, 46, pp.24-36.

4) W. R. Pearson, 2000. Flexible sequence similarity searching with the FASTA3 program package. Methods Mol. Biol., 132, pp.185-219.