Instruction d'installation de SRA Tools 3.1.1

Librairies additionnelles

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

flex
bison
cmake
doxygen
git
libxml2-dev

 
% sudo apt install -y bison cmake flex git lbxml2-dev

Procédure

Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:

% git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
% git clone https://github.com/ncbi/sra-tools.git

On déplace les deux répertoires obtenus dans /opt/bio/sources et on s'assure que ces répertoires appartiennent à root et que les permissions sont à 755:

% sudo mv ./ncbi-vdb /opt/bio/sources
% sudo mv ./sra-tools /opt/bio/sources
% cd /opt/bio/sources
% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb
% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb
% sudo chown -R root:root ./sra-tools
% sudo chmod 755 ./sra-tools

On commence par ncbi-vdb… On suit la valse classique:

 
% cd ./ncbi-vdb 
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install

Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:

% cd ../sra-tools 
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install

Pour rendre les utilitaires sra-tools, il faut faire ceci modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes:

 
# 
# SAMTools specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools/bin