Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:

 % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz|https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz]] % sudo tar -zxvf mafft-7.525-with-extensions-src.tgz % sudo rm mafft-7.525-with-extensions-src.tgz 

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

 % sudo chown -R root:root ./mafft-7.525-with-extensions % sudo chmod -R 755 ./mafft-7.525-with-extensions 

• Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers Makefile qui se trouvent dans /opt/bio/sources/mafft-7.505-with-extensions/core et /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/extensions. Dans les ceux cas, la ligne originale:

 PREFIX = /usr/local 

devient la ligne suivante:

 PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions 

• On se retrouve dans le dossier mafft-7.525-with-extensions, la compilation se fait alors facilement:

 % cd extensions // make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer % sudo make && sudo make install % cd ../core % sudo make clean % sudo make && make install 

 # # MAFFT specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/bin