• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire; SeqMonk fournit son propre environnement Java.

Voici la procédure suivi pour l'installation de SeqMonk du site Web:

• Il faut aller chercher l'archive sous /opt/bio/sources:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/seqmonk/seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz
% sudo tar -zxvf seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz
% sudo rm -rf seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz

• Le dossier ainsi créé devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./SeqMonk
% sudo chmod -R 755 ./SeqMonk

• Il faut finalement modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:

#
# SeqMonk specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/SeqMonk

• SeqMonk est une application avec interface graphique; il faut donc l“utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:

% seqmonk

• Il faut maintenant ajouter SeqMonk dans le menu Impilo:
  • Plus à venir…