Installation de Prodigal 2.6.3
Librairies additionnelles
Aucune librairie additionnelle est nécessaires.
Procédure
Voici la procédure suivi pour l'installation Prodigal à partir du code source:
- Il faut aller chercher l'archive du code source et compiler l'application sous
/opt/bio/sources
:
% cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -o prodigal.v2.6.3.tar.gz https://github.com/hyattpd/Prodigal/archive/v2.6.3.tar.gz % sudo tar -zxvf prodigal.v2.6.3.tar.gz % sudo rm -rf prodigal.v2.6.3.tar.gz
- Ce dossier devrait appartenir à
root
. Les permissions de ce dossier devraient être755
.
% sudo chown -R root:root ./Prodigal-2.6.3 % sudo chmod -R 755 ./Prodigal-2.6.3
- Dès lors, la compilation se fait facilement:
% cd Prodigal-2.6.3 % sudo make
- On se simplifie l'existence:
% sudo mkdir ./bin % sudo ln -s /opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/prodigal /opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/bin/prodigal
- Il faut finalement modifier le fichier
/etc/profile.d/impilo.sh
pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:
# # Prodigal specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/bin