Installation de NCBI Workbench 3.8.2
Librairies additionnelles
- Il faut installer les librairies suivantes:
libftgl2
libgl2ps1.4
libosmesa6
pristine-tar
xdelta
libxdelta2
% sudo apt-get install libftgl2 libgl2ps1.4 libosmesa6 pristine-tar xdelta libxdelta2
Procédure
- Téléchargez le fichier
.deb
dans votre répertoire maison:
% curl -L -O https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/gbench/ver-3.8.2/gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb
- Installer
ncbigenomeworkbench
viadpkg
et effacer le fichier.deb
:
% sudo dpkg -i gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb % rm -rf gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb
- Prenez note qu'il faut avoir modifier le fichier
/etc/profile.d/impilo.sh
pour que Genome Workbench puisse fonctionné. Comme vous voyez, il s'est installé sous/opt/ncbi
donc hors de l'arborescence Impilo:
# # NCBI Genome Workbench specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/ncbi/gbench-3.8.2/bin
- Prenez note également que comme NCBI Genome Workbench est une application graphique, il faut être dans un desktop Xfce ou bien l'invoquer via un terminal X.
- Pour effacer NCBI Genome Workbench, utilisez également
dpkg
:
% sudo dpkg --purge gbench-linux-Ubuntu-bionic_amd64-3.8.2.deb