Installation de Jellyfish 2.3.0
Libraries additionnelles
Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.
Procédure
- Il faut aller chercher le code source sur GitHub:
% cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.0/jellyfish-2.3.0.tar.gz % sudo tar -zxvf jellyfish-2.3.0.tar.gz % sudo rm -rf jellyfish-2.3.0.tar.gz
- Il faut s'assurer que le répertoire
jellyfish-2.3.0
appartient àroot
avec les bonnes permissions:
% sudo chown -R root:root ./jellyfish-2.3.0 % sudo chmod 755 ./jellyfish-2.3.0
- On procède à la compilation grâce au ballet habituel:
% cd jellyfish-2.3.0 % sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
- Pour accéder au programme, on modifie le fichier
/etc/profile.d/impilo.sh
pour y ajouter les lignes suivantes:
# # Bedtools specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jellyfish-2.3.0/bin