• Java, déjà installé.

Voici la procédure suivi pour l'installation de STRAP:

• STRAP est distribué sous la forme d'une archive JAR, prêt à exécuter. On se dirige vers /opt/bio/sources et on crée un répertoire strap_align et on s'y dirige.

% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir strap_align && cd ./strap_align
% sudo wget http://www.bioinformatics.org/strap/install2/strap-linux-unix.zip
% sudo unzip strap-linux-unix.zip 
% sudo rm -rf strap-linux-unix.zip

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/strap_align
% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/strap_align

• Il faut modifier un peu le fichier strap.sh avant d'utiliser le logiciel. La ligne suivante:

dotsa=~/.StrapAlign

devient

dotsa=/opt/bio/sources/strap_align

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier /opt/bio/sources/strap_align, le script strap.sh est l'application car il est exécutable:

% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/strap_align/strap.sh /opt/bio/sources/strap_align/bin/strap

• Il faut rendre ce script disponible pour tous en ajoutant les lignes suivantes à la toute fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh:

#
# STRAP specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/strap_align/bin

• Pour ajouter STRAP dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…