Pré-analyse: Transformer les fichiers d'alignement en valeurs discrètes d'expression
Introduction
- Plus à venir…
Protocoles utilisant les fichiers de lectures
Ces protocoles utilisent les fichiers directement obtenus des séquenceurs sans alignement préalable. Noter cependant qu'i faut bien nettoyer les fichiers bruts pour retirer les artéfacts découlant des séquences de mauvaise qualité.
Protocoles utilisant les fichiers d'alignements
Ces protocoles utilisent les fichiers d'alignement obtenus avec un outil comme hisat 2 ou star. Noter cependant qu'i faut bien nettoyer les fichiers bruts pour retirer les artéfacts découlant des alignements de mauvaise qualité.