Le package airway qui se trouve dans Bioconductor est une version plus ou moins pré-mâchée des données provenant de l'article de Himes et al. intitulé RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells. Dans cet article, les auteurs utilisent des lignées cellulaires primaires humaines de cellules musculaire lisses provenant des voies respiratoires de 4 individus ayant donné leurs poumons pour transplantation mais qui n'ont pu être utilisé. Après isolement des cellules, celles-ci ont été traitées avec de la dexaméthasone (agoniste du récepteur aux glucocorticoides), de l'albuterol (agoniste beta-adrénergique bronchodilatateur), un mélange des deux ou bien avec un contrôle de dilution (DMSO).

Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le Sequence Read Archive du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle.