Contrôle de la qualité des données d'expression génique
Introduction
Les plateformes de criblage de l'expression génique à haut débit sont des techniques puissantes mais aussi sensibles à plusieurs éléments de variabilité, autant de nature biologique que de nature technique:
Variabilité biologique
- Variations génétiques
- Variations dans le prélèvement du matériel
- Abondance des ARNm obtenus
Variabilité technique
- Préparation des ADNc à partir des ARNm isolés
- Incorporation de fluorophores
- Qualité des puces
- Hybridation
- Acquisition des images
Pour toutes ces raisons, il est souhaitable de vérifier la qualité des données obtenues avant de procéder à la normalisation et l'analyse de l'expression différentielle. Des réplicats ayant trop de variations vont nécessairement induire des problèmes à des étapes ultérieures; il est donc nécessaire de les identifier tôt dans le processus.
Affymetrix: contrôle de la qualité
Approche GUI
- Plus à venir: utilisation de RMAExpress pour les graphes NUSE et RLE
Approche CLI
Agilent: Contrôle de la qualité
- Plus à venir…
Illumina: Contrôle de la qualité
- Plus à venir…
Approche CLI
Nimblegen: Contrôle de la qualité
- Plus à venir…