Normalisation et sommation des données provenant des puces d'expression
Introduction
La normalisation est une procédure nécessaire afin de minimiser les variations expérimentales inter- ou intra-puces dans une expérience. La sommation est le traitement mathématique des différents signaux provenant des sondes pour un gène donné afin de les représenter par une seule valeur. Par exemple, un probeset Affymetrix est une collection de sondes PM et MM qui chacune procure un signal que l'algorithme de sommation traitera pour ne produire qu'une seule valeur d'expression pour ce probeset.
Puces par dépôt mécanique: normalisation et sommation
Approche GUI
- Plus à venir: utilisation de MIDAS
Approche CLI
- Plus à venir…
Affymetrix: normalisation et sommation
Approche GUI
- Plus à venir: utilisation de RMAExpress
Approche CLI
- affyPLM via la méthode threestep() (MAS5 et RMA/GCRMA)
Agilent: normalisation et sommation
Approche GUI
- Plus à venir…
Approche CLI
- Plus à venir…
Illumina: normalisation et sommation
Approche GUI
- Plus à venir: en mode recherche d'outils…
Approche CLI
Nimblegen: normalisation et sommation
Approche GUI
- Plus à venir…
Approche CLI
- Plus à venir…