Pourquoi s'évertuer à créer une distribution Linux pour la bio-informatique?

Et c'est vraiment une très bonne question Il existe pourtant déjà plusieurs efforts de distributions Linux ciblant la bio-informatique:

• DNALinux
• NEBC Bio-Linux
• Vigyaan
• VLinux

Pourtant, en les analysant de près, la plupart ne peuvent répondre à nos besoins de formation à cause d'un ou plusieurs des points suivants:

• Dans plusieurs cas, les applications sont obsolètes ou sont des versions démodées d'applications usuelles.
• Certaines d'entre elles semblent plus dirigées vers une clientèle spécifique: chimie structurale, etc.
• Très peu d'entres elles contiennent une documentation utile, non seulement décrivant les applications et leur usage mais également capable d'assister l'utilisateur à répondre à ces questions.
• La plupart ne contiennent aucun outil de biologie intégrative ou de génomique/transcriptomique.
• Certaines d'entre elles ne semblent pas avoir de support actif.
• Certaines d'entre elles sont très spécialisées, demandant une grappe de calcul pour être utilisable (par exemple: Bio roll sur ROCKS).

Après avoir évaluer ces solutions, nous en sommes venu à la conclusion que nous devions faire table rase et partir de zéro pour construire une installation bio-informatique Linux pour l'enseignement dans nos cours. Cette documentation se veut aussi pour nos étudiants un point de départ pour la construction d'un serveur de bio-informatique dans le cadre de leur travail.

— foisys 2020/05/09 13:59