Qu'est-ce que ça vous prend comme matériel pour réaliser une installation Impilo?

Vous pouvez créer un serveur Impilo de deux manières différentes:

• Soit en utilisant un ordinateur dédié qui deviendra alors un serveur Impilo, une solution plus appropriée pour quelqu'un qui fera de la bio-informatique sur une base régulière;
• Soit en créant une machine virtuelle sur votre poste de travail pour l'apprentissage, ce qui est notre cas d'espèce le plus fréquent.

Qu'est-ce que ça vous prendra comme ressource matériel? Plusieurs critères entrent en ligne de compte:

• Le budget, évidemment! La bio-informatique est un domaine qui ne lésine pas sur le matériel… C'est simple: plus, c'est toujours mieux!
• L'espace.
• Les besoins.

• Vous pouvez recycler un vieux PC en serveur (ou bien construire un serveur neuf), pourvu qu'il ait, au minimum, les caractéristiques suivantes:
  • Un processeur 64 bit, ce qui devrait être le cas d'à peu près chaque machine construite depuis env. 2010;
  • Ce processeur devrait avoir au moins 4 coeurs de calcul physiques;
  • Au moins 8 Gb de mémoire vive et si possible, de 16 à 32 Gb. Un conseil: inspectez les spécifications de la carte mère pour vérifier la capacité maximale et remplissez au maximum selon votre budget.
  • La capacité d'accueillir deux disques durs sur le même bus de connexion (ie: SATA) pour créer un volume RAID1 pour assurer le fonctionnement du serveur (Note: un RAID1 n'est pas une sauvegarde, je sais, mais ça c'est un autre problème…). Idéalement, les deux disques devraient être les plus gros que votre budget pourra se permettre: la bio-informatique est gourmande en espace de stockage de données.

• La bio-informatique n'est pas une aventure dans laquelle d'ordinaire on entre sans être bien équipé… Tel que mentionné ci-haut, plus on a de tout, mieux c'est Mais est-ce vraiment toujours le cas? Depuis plusieurs années, tout un éco-système d'ordinateurs minuscules, la plupart pas plus grand qu'une carte de crédit, sont apparus et commencent à occuper de plus en plus de place dans plusieurs applications. Jusqu'au printemps 2020, ils étaient cependant limités dans leur performance, surtout au niveau de la mémoire, mais l'écosystème a énormément évolué dans tous les domaines. Quels sont les critères pour faire votre choix?
  • Critère no. 1: la performance brute du processeur. La fondation Raspberry Pi a mis en marché le Raspberry Pi 5 qui a des performances respectables. Un autre option est un ordinateur équipé d'un processeur de la famille Rockchip RK3588 avec 6 à 8 coeurs de calcul comme les Radxa de la famille ROCK5.
  • Critère no. 2: la quantité de mémoire disponible. Pour faire des tâches complexes et lourdes comme des alignements de séquences NGS, 8Gb est un strict minimum. Par exemple, un alignement HISAT2 avec un index créé en utilisant une liste de sites dépistage et d'exons se fait avec 8Gb; cependant, si vous jouez les infos de polymorphisme (SNP et haplotypes), il vous faudra un minimum de 16Gb…
  • Critère no. 3: le soutien logiciel. Nous avons un parti pris pour la nécessité d'utiliser une distribution Linux grand public comme Ubuntu; si vous vous sentez aventureux, Armbian est un point de départ pour ce qui suit dans les pages à venir (une nécessité si vous allez dans la voie Radxa).
  • Critère no. 4: le prix, of course!
• Nos recettes de construction d'un serveur Clafoutis:
  • Le matériel nécessaire
  • Procédure d'installation d'Ubuntu
  • Création d'un cluster de calcul Super-Clafoutis

• Le cas type pour notre enseignement Ça vous demandera un peu plus qu'un ordi de base:
  • Un processeur 64 bit avec un minimum de 4 coeurs de calcul physique et si possible plus (6 à 8). Comme la machine virtuelle Impilo co-habitera avec votre système d'opération, il faut avoir assez de puissance pour que les deux fonctionnent sans se piler sur les pieds.
    • Une règle est de créer une machine virtuelle avec 2 coeurs ou 50% des coeurs disponibles.
  • Au moins 8 Gb de mémoire;
    • Encore une fois, la règle est de donner 4Gb à votre machine virtuelle; notez cependant qu'il ne vous sera pas possible de faire des analyses utilisant des gros jeux de données.
  • Un disque de 500 Gb au minimum;
    • La règle de base est de créer un disque de 32 Gb pour le système de base. Il est toujours possible de créer des disques virtuels supplémentaires et de les ajouter dans la table des partitions.
• Pour les ordinateurs portables, notre conseil est de toujours mettre le maximum de ressources à l'achat car ils sont à peu près impossibles à mettre à jour par la suite.