Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo

Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement.

Cette liste est mise à jour à chaque année, avant le début de la session d'automne; rappelez-vous que nous sommes avant tout des enseignants

• Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub!
• Comment faire? En partant d'une machine virtuelle Ubuntu server fraîchement créée, suivez les étapes suivantes tel que décrit à partir d'ici:
• Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV:

 % sudo apt update && sudo apt upgrade 

• Étape 2: installer Ansible via apt:

 % sudo apt install ansible 

• Étape 3: télécharger les scripts Ansible via git:

 % git clone https://github.com/foisys/impilo-ansible 

• Étape 5: exécuter le fichier standalone.yml de la manière suivante:

 % cd ./impilo-ansible % ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml 

• Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…

Cette procédure est un work in progress mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créée par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb ainsi qu'un serveur Raspberry Pi 5 16Gb:-)

• Artemis 24.04 A25
• Integrated Genome Viewer 24.04 A25

• EMBOSS / EMBASSY / Jemboss 24.04 A25

• GEPARD 24.04 A25
• BLAST 24.04 A25
• FASTA 24.04 A25

• CLUSTALW 24.04 A25
• CLUSTAL OMEGA 24.04 A25
• MAFFT 24.04 A25
• MUSCLE 24.04 A25
• T-COFFEE 24.04 A25
• AliView 24.04 A25
• JalView 24.04 A25

• Aragorn 24.04 A25
• Barrnap 24.04 A25
• HMMER2 / HMMER3 22.04 A23
• Infernal 24.04 A25
• Prodigal 24.04 A25
• Prokka 24.04 A25
• tRNAScan-SE 24.04 A25

• RNAMotif 24.04 A25
• ViennaRNA Package 24.04 A25

• GFFcompare 24.04 A25
• GFFread 24.04 A25
• RSEM 24.04 A25
• Salmon 24.04 A25
• StringTie 24.04 A25
• Subread 24.04 A25

• JChemPaint 24.04 A25
• Pymol 24.04 A25

• ImageJ 24.04 A25

• R 24.04 A25
• Bioconductor 24.04 A25

• Primer3 24.04 A25

• Bowtie 2 24.04 A25
• HISAT 2 24.04 A25
• SPAdes 24.04 A25
• Trinity 24.04 A25

• BEDTools 24.04 A25
• FastP 24.04 A25
• FastQC 24.04 A25
• Jellyfish 24.04 A25
• Picard 24.04 A25
• Qualimap 24.04 A25
• SAMtools 24.04 A25
• SeqMonk 24.04 A25
• Trimmomatic 24.04 A25

• NCBI Entrez Direct
• NCBI SRA Toolkit 24.04 A25