Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo

Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement.

Cette liste est mise à jour à chaque année, avant le début de la session d'automne; rappelez-vous que nous sommes avant tout des enseignants

• Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub!
• Comment faire? En partant d'une machine virtuelle vierge, créé tel que décrit à partir d'ici, suivez les étapes suivantes:
• Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV:

 % sudo apt update && sudo apt upgrade 

• Étape 2: installer la toute dernière version de pip:

 % sudo apt install python3-pip 

• Étape 3: installer Ansible via pip:

 % sudo pip3 install ansible 

• Étape 4: télécharger les scripts Ansible via git:

 % git clone [[https://github.com/foisys/impilo-ansible|https://github.com/foisys/impilo-ansible]] 

• Étape 5: exécuter le fichier standalone.yml de la manière suivante:

 
% cd ./impilo-ansible 
% ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml 

• Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…

Cette procédure est un work in progress mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créé par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb

• Artemis 24.04 A24
• Integrated Genome Viewer 24.04 A24

• EMBOSS / EMBASSY / Jemboss 24.04 A24

• GEPARD 24.04 A24
• BLAST 24.04 A24
• FASTA 24.04 A24

• CLUSTALW 24.04 A24
• CLUSTAL OMEGA 24.04 A24
• MAFFT 24.04 A24
• MUSCLE 24.04 A24
• T-COFFEE 24.04 A24
• AliView 24.04 A24
• JalView 24.04 A24

• Barrnap 22.04 A23
• HMMER2 / HMMER3 22.04 A23
• Infernal 22.04 A23
• Prodigal 22.04 A23
• Prokka 22.04 A23
• tRNAScan-SE 22.04 A23

• RNAMotif 22.04 A23
• ViennaRNA Package 22.04 A23

• GFFcompare 22.04 A23
• GFFread 22.04 A23
• RSEM 22.04 A23
• Salmon 24.04 A24
• StringTie 22.04 A23
• Subread 22.04 A23

• JChemPaint Retiré pour 24.04A24
• Jmol Retiré pour 24.04A24
• Pymol 22.04 A23

• ImageJ 22.04 A23

• R 22.04 A23
• Bioconductor 22.04 A23

• Primer3 24.04 A24

• Bowtie 2 22.04 A23
• HISAT 2 22.04 A23
• SPAdes 24.04 A24
• Trinity 22.04 A23

• BEDTools 24.04 A24
• FastP 24.04 A24
• FastQC 22.04 A23
• Jellyfish 22.04 A23
• Picard 22.04 A23
• Qualimap 22.04 A23
• SAMtools 22.04 A23
• SeqMonk 22.04 A23
• Trimmomatic 22.04 A23

• NCBI Entrez Direct
• NCBI SRA Toolkit