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Trinity
Introduction
- Trinity (1,2) est un logiciel qui utilise une approche modulaire afin de construire des transcriptomes sans connaitre le génome qui se cache derrière. Il construit des ensembles de transcrits regroupant pour chacun l'ensemble des transcrits partageant des séquences communes pour ensuite utiliser une approche par graphe de de Bruijn pour reconstruire tous les transcrits pour un ensemble donné, permettant de reconstruire les séquences complètes de tous les transcrits.
Informations générales
Instructions d'installation
| Version Impilo | Version installée |
|---|---|
| Impilo 24.04 A25 | 2.15.2 |
Instruction d'usage
- Ce programme demande de sérieuses ressources en mémoire vive pour des ensembles de données de séquences le moindrement gros; par conséquent, le rouler sur une machine virtuelle n'est pas recommandé autrement qu'à des fins d'enseignement et/ou démonstration. Il vous faudra l'installer sur une machine réelle avec une bonne quantité de RAM (+ de 256Gb)
- Les développeurs de Trinity on créé un wiki contenant une documentation détaillée de son utilisation.
Références
2)
Haas B.J.., Papanicolaou A., Yassour M., Grabherr M., Blood P.D., Bowden J., Couger M.B., Eccles D., Li B., Lieber M., MacManes M.D., Ott M., Orvis J., Pochet N., Strozzi F., Weeks N., Westerman R., William T., Dewey C.N., Henschel R., LeDuc R.D., Friedman N. & Regev A., 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis.. Nature Protocols, 8, pp.1494-1512.