SPAdes

Introduction

SPAdes est un logiciel d'assemblage de novo de séquences obtenues par diverses méthodes de séquençage à haut débit, capable d'associer des séquences courtes (par ex.: Illumina) ou longues (par ex.: PacBio et Nanopore); il possède aussi des méthodes d'analyse métagénomique. (1)

Informations générales

Site web: http://ablab.github.io/spades/

Instructions d'installation

Version Impilo	Version installée
Impilo 24.04 A25	4.1.0
Impilo 24.04 A24	4.0.0

Instruction d'usage

Plus à venir…

Références

(1) Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A., & Korobeynikov, A., 2020. Using SPAdes De Novo Assembler. Curr. Prot. Bioinformatics, 70, e102.