Installation de Trimmomatic 0.39

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette.

Voici la procédure suivi pour l'installation de Trimmomatic:

• Il faut télécharger l'archive du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources. Vous trouverez un dossier nommé Trimmomatic-0.39.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/usadellab/Trimmomatic/files/5854859/Trimmomatic-0.39.zip
% sudo unzip Trimmomatic-0.39.zip
% sudo rm -rf Trimmomatic-0.39.zip

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./Trimmomatic-0.39
% sudo chmod 755 ./Trimmomatic-0.39

• Trimmomatic est distribué sous la forme d'une archive Java (JAR), prêt à fonctionner. Cependant, c'est un peu difficile si on veut utiliser comme application sous $PATH… Une solution simple: créer un fichier bash dans un répertoire bin qui encapsule l'exécution:

% sudo mkdir bin
% cd bin && sudo nano ./runTrimmomatic

# Texte du script
#!/bin/bash
java -jar /opt/bio/sources/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar $@

• Il reste à rendre ce script exécutable et à créer un lien symbolique:

% chmod +x ./runTrimmomatic

• Il reste à rendre le script runTrimmomatic disponible pour tous en éditant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:

#
# Trimmomatic specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Trimmomatic-0.39/bin