Instruction d'installation de SRA Tools 3.2.1

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

• flex
• bison
• cmake
• doxygen
• git
• libxml2-dev

 
% sudo apt install -y bison cmake flex git lbxml2-dev 

Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

• On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:

#
# O ose place dans /opt/bio/sources
#
% sudo curl -L -o ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/ncbi-vdb/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
% sudo curl -L -o sra-tools-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz

• On décompresse les deux archives téléchargées:

% sudo tar -zxvf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
% sudo rm -rf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf src-tools-3.2.1.tar.gz
% sudo rm -rf sra-tools-3.2.1.tar.gz

• On s'assure que ces répertoires appartiennent à root et que les permissions sont à 755:

% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb-3.2.1
% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb-vdb-3.2.1
% sudo chown -R root:root ./sra-tools-3.2.1
% sudo chmod 755 ./sra-tools-3.2.1

• On commence par ncbi-vdb… On suit la valse classique:

 
% cd ./ncbi-vdb-3.2.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install

• Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:

% cd ../sra-tools-3.2.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb-3.2.1 --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install

• Pour rendre les utilitaires sra-tools, il faut faire ceci modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes:

 
# 
# SAMTools specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools-3.2.1/bin