Installation de SPAdes 4.1

• Il faut s'assurer d'avoir les libraries suivantes:
  • g++ (déjà disponible car le meta-package build-essential le contient)
  • cmake
  • zlib1g-dev
  • libbz2-dev

% sudo apt-get install cmake zlib1g-dev libbz2-dev

• Il faut aussi avoir une version de Python supérieure à 3.8 mais sur une installation Impilo basée sur Ubuntu 24.04, ce n'est pas un problème.

• En premier lieu, il faut se placer dans /opt/bio/sources, télécharger l'archive du code source et la décompresser:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o SPAdes-4.1.0.tar.gz  https://github.com/ablab/spades/archive/refs/tags/v4.1.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf SPAdes-4.1.0.tar.gz
% sudo rm -rf SPAdes-4.1.0.tar.gz

• Deuxièmement, le répertoire spades-4.1.0 doit appartenir à root et ses permissions doivent être 755:

% sudo chown -R root:root ./spades-4.1.0
% sudo chmod 755 ./spades-4.1.0

• Les développeurs ont inclus un script de compilation qui s'occupe de tout:

% cd ./spades-4.1.0
% sudo ./spades_compile.sh

• Pour tester votre installation (notez cependant que si vous avez peu de mémoire vive, le test va planté…):

# Retournez dans votre $HOME
% cd
# Exécutez le test interne de SPAdes
% /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades.py --test

• Pour simplifier notre existence:

% sudo ln -s /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades.py /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades

• Il reste à éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:

#
# SPAdes specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin