Instruction d'installation de SAMtools 1.21

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

• libncurses-dev
• libbz2-dev

 
% sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev 

Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

• L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous /opt/bio/sources:

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.21/samtools-1.21.tar.bz2
% sudo tar -jxvf samtools-1.21.tar.bz2 
% sudo rm -rf samtools-1.21.tar.bz2 

• On s'assure que le répertoire samtools-1.21 appartient à root et que ces permissions sont à 755:

 % sudo chown -R root:root ./samtools-1.21 
% sudo chmod 755 ./samtools-1.21 

• Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:

 
% cd ./samtools-1.21 
% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install 
% cd ./htslib-1.21 
% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install 

• Pour rendre samtools et les utilitaires de htslib disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes:

 
# 
# SAMTools specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/bin 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/htslib-1.21/bin