Installation de RNAMotif 3.1.1

Il vous faudra ceci:

• bison
• flex

% sudo apt-get -y install bison flex

De plus, il faut maintenant le client git mais il devrait déjà être installé

Voici la procédure suivi pour l'installation de RNAMotif à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo git clone https://github.com/dacase/rnamotif.git
% sudo mv ./rnamotif ./rnamotif-3.1.1

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./rnamotif-3.1.1
% sudo chmod -R 755 ./rnamotif-3.1.1

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1, la compilation se fait simplement:

% cd ./rnamotif-3.1.1
% sudo make 

• Apres compilation, je crée un lien symbolique dans un nouveau répertoire appelé /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin:

% sudo mkdir ./bin 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/src/rnamotif /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin/rnamotif

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, il faut modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant les lignes suivantes:

#
# RNAMotif specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin
export EFNDATA=/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/efndata