Installation de R 4.5.0

• Il vous faudra les librairies suivantes:

• gfortran
• libreadline6-dev
• libpng-dev
• libtiff5-dev
• libjpeg8-dev
• libcairo2-dev
• libxt-dev
• xorg-dev
• tcl-dev
• tk-dev
• texinfo
• texlive
• texlive-fonts-extra
• libblas-dev

% sudo apt-get --no-install-recommends install gfortran libreadline6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg8-dev libcairo2-dev libxt-dev xorg-dev tcl-dev tk-dev texinfo texlive texlive-fonts-extra libblas-dev

• Mais j'ai aussi trouvé un raccourci pour tout cela: Ubuntu à un package appelé r-base-dev pour permettre l'installation de modules R à partir de leur code source. Il suffit alors d'installer les dépendances de ce package pour avoir notre chaine de librairies nécessaire. Ceci vous facilitera l'existence aussi pour l'installation de nouveaux modules:

% sudo apt build-dep r-base-dev

• Et si vous tentez la chose, ça ne fonctionnera pas…

E: You must put some 'deb-src' URIs in your sources.list

• Il faut aller éditer le fichier /etc/apt/sources.list.d/ubuntu.sources et ajouter le petit bout de texte suivant:

# La ligne suivante dans la section Suites: noble ...
Types: deb
# ... devient
Types: deb deb-src

• Avant d'utiliser la ligne précédente, il faudra faire ceci:

% sudo apt update

• Source ou package? Dans le cas de R, c'est vraiment une bonne question à se poser car même si la philosophie de Impilo est de partir du code source, R est un cas particulier vu sa complexité et le fait que plusieurs autres composantes retrouvées dans Impilo dépendent d'avoir R correctement installé… Cependant, construire à partir du code source est vraiment facile

• En premier lieu, il faut se placer dans /opt/bio/sources, télécharger l'archive du code source et la décompresser:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.5.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf R-4.5.0.tar.gz
% sudo rm -rf mv R-4.5.0.tar.gz

• Deuxièmement, le répertoire 4.5.0 doit appartenir à root et ses permissions doivent être 755:

% sudo chown -R root:root ./4.5.0
% sudo chmod 755 ./4.5.0

• La compilation est simple:

% cd ./4.5.0
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --enable-R-shlib && sudo make && sudo make install

• Il reste à éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:

#
# R specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/R-4.5.0/bin

Le module IRkernel installé avec R est nécessaire pour pouvoir avoir une communication entre R et l'interface Jupyter Lab. Pour le faire, c'est très simple:

% R -e "install.packages('IRkernel',repos='https://muug.ca/mirror/cran')

NOTE: RStudio n'a pas encore de version officielle pour la plateforme ARM64; cependant, une version beta est disponible ici. Notez également que cette version est créé par le processus quotidien de construction de l'application et sujette à des modifications créant de l'instabilité…

Il existe plusieurs interfaces graphiques pour R et mon choix s'est porté sur RStudio. Pour installer RStudio, suivez simplement cette procédure:

• Téléchargez le fichier .deb dans votre répertoire maison:

% cd
% curl -L -O https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2025.05.0-496-amd64.deb

• RStudio a une dépendance pour son installation:

% sudo apt-get install libclang-dev

• Installer rstudio via dpkg et effacer le fichier .deb:

% sudo dpkg -i rstudio-2025.05.0-496-amd64.deb
% rm -rf rstudio-2025.05.0-496-amd64.deb

• RStudio devrait maintenant être disponible:

% rstudio

• Prenez note: comme RStudio est une application graphique, il faut être dans un desktop Xfce ou bien invoquer RStudio via un terminal X. Sous Xfce, il se trouvera dans le menu Development.

• Pour effacer RStudio, utilisez également dpkg:

% sudo dpkg --purge rstudio-2025.05.0-496-amd64.deb