Installation de Pymol 3.2.0a

• Les librairies suivantes sont nécessaires:

• git
• python3-dev
• libglew-dev
• libpng-dev
• libfreetype6-dev
• libxml2-dev
• libmsgpack-dev
• python3-pyqt5.qtopengl
• libglm-dev
• libnetcdf-dev
• freeglut3-dev

% sudo apt-get install git build-essential python3-dev libglew-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev freeglut3-dev

Pour réussir à être à jour dans les versions de ce logiciel, l'approche code source a été choisie.

• Premièrement, obtenir la dernière version stable du code source à partir de GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git

• Il faut que root soit le propriétaire de ce répertoire:

% sudo chown -R root:root ./pymol-open-source
% sudo chmod 755 ./pymol-open-source

• La compilation se fait via le script d'installation contenu dans le répertoire:

% cd ./pymol-open-source
% sudo python3 ./setup.py build install \
--use-msgpackc=no \
--home=/opt/bio/sources/pymol-open-source

• Il faut modifier le script de démarrage pymol sous bin pour corriger où se trouve le point de démarrage. Avec nano, selon votre plateforme:

#
# Version originale
#
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/usr/local/lib/python3.12/dist-packages/pymol/__init__.py" "$@"

# Pour x86_64
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-x86_64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"

# Pour ARM64
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-aarch64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"

• Il faut ajouter les lignes suivantes à la toute fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que le système trouve les applications:

#
# PyMol specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/pymol-open-source/bin

• Pymol est une application avec interface graphique; il faut donc l“utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:

% pymol

• Il faut maintenant ajouter Pymol dans le menu Impilo:
  • Plus à venir…