Installation de MAFFT 7.526

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O https://gitlab.com/sysimm/mafft/-/archive/main/mafft-main.tar.gz
% sudo tar -zxvf mafft-main.tar.gz
% sudo rm mafft-main.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

 
% sudo chown -R root:root ./mafft-main.tar.gz 
% sudo chmod -R 755 ./mafft-main.tar.gz
 

• Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers Makefile qui se trouvent dans /opt/bio/sources/mafft-main/core et /opt/bio/sources/mafft-main/extensions. Dans les ceux cas, la ligne originale:

 PREFIX = /usr/local 

devient la ligne suivante:

 PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-main 

• On se retrouve dans le dossier mafft-main, la compilation se fait alors facilement:

 
% cd extensions 
# make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer 
% sudo make && sudo make install 
% cd ../core 
% sudo make clean 
% sudo make && make install 

* Il faut ajouter ces lignes dans le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que les applications soient sur le $PATH:

 
# 
# MAFFT specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-main/bin