Installation de ImageJ 2.16

• Le fichier téléchargé vient avec son propre JRE, donc rien de plus à installer.

Note : Fiji contient l'ensemble des librairies et modules compatibles pour ImageJ et il est possible que certains d'entres eux ne soient pas compatibles sous aarch64…

Voici la procédure suivi pour l'installation de ImageJ:

• Nouveauté: Fiji est l'application contenant ImageJ et avec presque tous les modules externes existants. Télécharger l'archive de Fiji à partir du site Web et décompresser la; vous obtiendrez un répertoire appelé Fiji.app

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O https://downloads.imagej.net/fiji/stable/fiji-stable-portable-nojava.zip 
% sudo unzip fiji-stable-portable-nojava.zip 
% sudo rm fiji-stable-portable-nojava.zip 

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

 
% sudo chown -R root:root ./Fiji.app 
% sudo chmod 755 ./Fiji.app 

• ImageJ est démarré via dans un script shell portant le nom de fiji; ce script s'occupe de l'auto-détection de la plateforme pour initialiser ImageJ.

• Finalement, éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:

 
# 
# ImageJ specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Fiji.app 

• ImageJ possède une fonction de mise à jour interne qui se trouve sous le menu Help. Pour réussir une mise à jour, il faut invoquer la commande fiji avec le sudo:

 
# Juste faire ça la 1ere fois :-)
% xhost si:localuser:root 
% sudo /opt/bio/sources/Fiji.app/fiji 
# Faites les mises à jour :-) 

• Pour ajouter ImageJ dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…