Installation de HMMER 2.4i

• Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire

• On va chercher l'archive:

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -o hmmer-2.4i.tar.gz http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-2.4i.tar.gz 
% sudo tar -zxvf hmmer-2.4i.tar.gz 
% sudo rm -rf hmmer-2.4i.tar.gz

• Il faut s'assurer que le répertoire hmmer-2.4i appartient à root avec les bonnes permissions:

 
% sudo chown -R root:root ./hmmer-2.4i 
% sudo chmod 755 ./hmmer-2.4i 

• Si vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes avant de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ./configure puisse fonctionner:

 
% cd ./hmmer-2.4i
% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"

• On compile HMMER avec la valse habituelle:

 
% sudo ./configure –prefix=`pwd` 
% sudo make 
% sudo make check 
% sudo make install 

• On termine en modifiant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:

 
# 
# HMMER specific environment variables 
# 
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/hmmer-2.4i/bin