Installation de HISAT 2 2.2.1

• Pour assurer la bonne compilation sur un ordinateur en architecture ARM64, il faut installer les librairies ou applications suivantes:
  • libsimde-dev
  • quilt
• Comme on n'utilise pas ncbi-ngs, il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.

Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:

• Il faut télécharger un package disponible sur le site packages.ubuntu.com pour obtenir les patches logicielles pour une compilation dans une architecture ARM64 (l'application de ses patches n'affectera pas la compilation dans un environnement x86_64):

# Dans votre compte:
% curl -L -O http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/h/hisat2/hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
% tar -xf hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
# Et vous devriez voir un répertoire appelé Debian :-)

• Sous /opt/bio/sources, l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.zip https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-221-source/download
% sudo unzip hisat2-2.2.1.zip
% sudo rm hisat2-2.2.1.zip

• Vous devez ensuite copier le répertoire patches du dossier debian qui se trouve dans votre répertoire:

% sudo cp -r ~/debian/patches ./hisat2-2.2.1

• Vous devez corriger les fichiers nécessaires en utilisant les informations contenues dans le dossier patches:

% cd hisat2-2.2.1
% sudo quilt push -a

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ../hisat2-2.2.1
% sudo chmod 755 ../hisat2-2.2.1

• La compilation se fait simplement:

% sudo make

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire bin dans hisat2-2.2.1, créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:

% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2 /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-s

• Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh

#
# HISAT 2 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin