Installation de FastQC 0.12.1

FastQC nécessite une installation Java, déjà installé.

• Il faut aller chercher le code source:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
% sudo tar -zxvf fastqc_v0.12.1.zip
% sudo rm -rf fastqc_v0.12.1.zip

• Il faut s'assurer que le répertoire bedtools2 appartient à root avec les bonnes permissions:

% sudo chown -R root:root ./FastQC
% sudo chmod 755 ./FastQC

• Pour accéder au programme fastqc , on modifie le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter les lignes suivantes:

#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/FastQC