Installation de Bioconductor 3.21

• Aucune librairie au niveau système n'est nécessaire.

• Au niveau de R, il s'occupe de tout

Bioconductor étant dépendant de R, assurez-vous de l'avoir installé! La version 3.21 de BioConductor est faite pour fonctionner avec la version 4.5 de R.

• Comme on installe à partir de R, ouvrez une session R. L'utilisation du sudo est nécessaire car nous voulons faire l'installation à l'échelle du système et non seulement de l'utilisateur bioubuntu.

% sudo R

• Via le package BiocManager, qui fera une installation Bioconductor minimale. Donc, toujours dans la console R:

> install.packages("BiocManager")
> library(BiocManager)
> BiocManager::install()

• Prendre note que la méthode biocLite() est maintenant obsolète; elle disparaitrera sûrement dans le futur…

• On peut aussi installé la version de base de BioConductor via le shell de l'ordi avec cette simple commande:

 
% sudo /opt/bio/sources/R-4.2.1/bin/R -e "install.packages('BiocManager',repos='https://muug.ca/mirror/cran/');library(BiocManager);BiocManager::install()" 

• Il est nécessaire d'entrer le PATH au complet car l'usager root ne voit pas le fichier /etc/profile.d/impilo.sh.

• Une fois dans R, on utilise une variante de l'installation minimale:

> library(BiocManager)
> BiocManager::install("monPackage")

• Notez cependant que certains package Bioconductor pourraient demandé l'installation de packages systèmes supplémentaire. Si l'installation échoue, regardez les messages d“erreurs pour vérifier…