Installation de Barrnap 0.9

• Comme Perl est déjà installé, aucune librairie additionnelle n'est nécessaire

• Le fonctionnement de Barrnap dépend de la présence d'un certain nombre d'applications:
  • Absolument nécessaires:
    • Perl (voir ci-dessus)
    • nhmmer (fourni par HMMER)
    • Bedtools

• Avant de poursuivre, il faut donc vous assurer d'avoir installé toutes ces applications en place et qu'ils sont dans le $PATH.

• Une fois cela complété, il vous faut faire les opérations suivantes:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o barrnap-0.9.tar.gz https://github.com/tseemann/barrnap/archive/0.9.tar.gz
% sudo tar -zxvf barrnap-0.9.tar.gz
% sudo rm barrnap-0.9.tar.gz

• Il faut s'assurer que le répertoire barrnap-0.9 appartient à root avec les bonnes permissions:

% sudo chown -R root:root ./barrnap-0.9
% sudo chmod 755 ./barrnap-0.9

• On termine en modifiant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:

#
# Barrnap specific environment variables
#
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/barrnap-0.9/bin