Installation de Trinity 2.15.2

Il faut installer un compilateur supplémentaire, cmake, en plus de make:

% sudo apt-get install cmake

Il faut aussi s'assurer d'avoir les applications suivantes installées et accessibles dans $PATH:

• bowtie2 (installé ici)
• jellyfish
• salmon (installé ici)
• SAMtools

L'application ne compile pas avec succès sur ARM64 donc les RPi sont hors de question… Comme Trinity est une application extrêmement exigeant en RAM, elle ne serait pas très satisfaisante de toute façon

Voici la procédure suivi pour l'installation de Trinity:

• L'archive de l'application exécutable a été téléchargé du site web sous /opt/bio/sources/ et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/refs/tags/Trinity-v2.15.2.tar.gz
% sudo tar -zxvf Trinity-v2.15.2.tar.gz
% sudo rm -rf Trinity-v2.15.2.tar.gz

• Le dossier trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2 devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
% sudo chmod 755 ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2

• La compilation est simplement faite..

% cd ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
% sudo make

• Il faut éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

#
# Trinity specific environment variables
#
export TRINITY_HOME=/opt/bio/sources/trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2