Installation de Salmon 1.10.1

Des changements dans l'environnement de développement+compilation oblige le changement de certains fichiers source pour permettre une compilation réussie…

• Il faut commencer par s'assurer que la librairie build-essential soit déjà installé.
• Il faut installer un compilateur supplémentaire, cmake, en plus de make, ainsi que les librairies suivantes (certaines le sont probablement déjà mais dans un tel cas, on aura une mise à jour):
  • libboost-dev
  • libboost-filesystem-dev
  • libboost-iostreams-dev
  • libboost-program-options-dev
  • libboost-chrono-dev
  • libboost-system-dev
  • libboost-timer-dev
  • libbz2-dev
  • libcurl4-openssl-dev
  • libjemalloc-dev
  • libjs-sphinxdoc
  • liblzma-dev
  • libcereal-dev
  • libcurl4-openssl-dev
  • libtbb-dev
  • libzstd-dev
  • pkg-config
  • zlib1g-dev

 
% sudo apt install cmake libboost-dev libboost-chrono-dev libboost-filesystem-dev libboost-iostreams-dev libboost-program-options-dev libboost-chrono-dev libboost-system-dev libboost-timer-dev libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libjemalloc-dev liblzma-dev libcereal-dev libtbb-dev libzstd-dev pkg-config zlib1g-dev 

Voici la procédure suivi pour l'installation de Salmon à partir du code source:

• L'archive a été téléchargé du site web sous /opt/bio/sources/ et décompressé.

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -o salmon.v1.10.1.tar.gz [[https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz|https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz]] 
% sudo tar -zxvf salmon.v1.10.1.tar.gz 
% sudo rm -rf salmon.v1.10.1.tar.gz

• Le dossier salmon-1.10.1 devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

 
% sudo chown -R root:root ./salmon-1.10.1 
% sudo chmod 755 ./salmon-1.10.1

• Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans certaines fichiers… Le premier de ces fichiers est salmon-1.10.1/include/SalmonConfig.hpp qu'on ouvre avec “nano” pour faire la modification:

 
% cd ./salmon-1.10.1
% nano ./include/salmonConfig.hpp
#
# On change la ligne suivante:
#
#include <string>
#
# ... pour ceci:
#
#include <string>
#include <cstdint>

• le deuxième fichier à modifier est salmon-1.10.1/include/SalmonExceptions.hpp:

  
% nano ./include/salmonConfig.hpp
#
# On change les lignes suivantes:
#
#include <sstream>
#include <stdexcept>
#
# ... pour ceci:
#
#include <sstream>
#include <stdexcept>
#include <cstdint>

• Comme on se retrouve toujours dans le dossier salmon-1.10.1, on effectue la compilation simplement:

  
# Sur serveur réel ou MV en architecture x86_64: 
% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/x86_64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd` 
# Si vous êtes sur un RPi: 
% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/aarch64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd` 
# Les prochaines étapes vont prendre un certain temps… 
% sudo make && sudo make install

• Il faut éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

 
# 
# Salmon specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/bin 
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/lib