Installation de Primer3 2.6.1

• Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation de Primer3 à partir du code source:

• Sous /opt/bio/sources, on télécharge la toute dernière version du code source en utilisant sur GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o primer3.v2.6.1.tar.gz https://github.com/primer3-org/primer3/archive/v2.6.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf primer3.v2.6.1.tar.gz
$ sudo rm -rf primer3.v2.6.1.tar.gz

• On se retrouve avec un répertoire appelé primer3-2.6.1; il faut s'assure que le répertoire appartient à l'usager root et juste être certain de ses permissions:

% sudo chown -R root:root ./primer3-2.6.1
% sudo chmod -R 755 ./primer3-2.6.1

• Il faut alors se diriger vers ./primer3-2.6.1/src et démarrer/tester la compilation; faut pas s'en faire, le tout prend quelques minutes.

% cd ./primer3-2.6.1/src
% sudo make && sudo make test

• Il n'y a pas de make install pour ce programme. Notez qu'il faut créer le lien symbolique primer32_core qui nécessaire pour que le programme eprimer32 de la suite EMBOSS puisse le trouver et l'utiliser; il est incompatible avec l'appellation originale primer3_core.

% sudo ln -s /opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src/primer3_core /opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src/primer32_core

• Il faut maintenant modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que l'exécutable soit visible par tous:

#
# Primer3 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src