Voici la procédure suivi pour l'installation de MUSCLE à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé dans un dossier appelé muscle_3.8.1551:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o muscle-5.1.tar.gz https://github.com/rcedgar/muscle/archive/refs/tags/v5.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf muscle-5.1.tar.gz
% sudo rm -rf muscle-5.1.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./muscle-5.1
% sudo chmod 755 ./muscle-5.1

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier /opt/bio/sources/muscle-5.1/src, la compilation se fait simplement:

% cd muscle-5.1/src
% sudo make

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire bin dans muscle-5.1, créer un lien symbolique:

% cd ..
% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/muscle-5.1/src/Linux/muscle /opt/bio/sources/muscle-5.1/bin/muscle

• Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh

#
# MUSCLE specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/muscle-5.1/bin