Installation de MAFFT 7.525

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz
% sudo tar -zxvf mafft-7.525-with-extensions-src.tgz
% sudo rm mafft-7.525-with-extensions-src.tgz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./mafft-7.525-with-extensions
% sudo chmod -R 755 ./mafft-7.525-with-extensions

• Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers Makefile qui se trouvent dans /opt/bio/sources/mafft-7.505-with-extensions/core et /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/extensions. Dans les ceux cas, la ligne originale:

PREFIX = /usr/local

devient la ligne suivante:

PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions

• On se retrouve dans le dossier mafft-7.525-with-extensions, la compilation se fait alors facilement:

% cd extensions
// make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer
% sudo make && sudo make install
% cd ../core
% sudo make clean
% sudo make && make install

• Il faut ajouter ces lignes dans le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que les applications soient sur le $PATH:

#
# MAFFT specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/bin