Installation de JalView 2.11.3.3

Si vous avez installé Java 11 tel que présenté, aucune autre librairie n'est nécessaire.

• L'installation conventionnelle de JalView passe par une application d'installation créée via InstallAnywhere. Cependant, ça pose un problème dans le moment car le processus demande Java 8, une version plutôt gériatrique, et ça demande de passer de Java 11 à Java 8 pour revenir à Java 11… De plus, c'est une installation interactive donc pas commode pour automatiser une installation Impilo
• Donc, on passe par une méthode alternative: l'exécution directe du plus récent fichier JAR.
• On va chercher le fichier JAR qu'on installe sous /opt/bio/sources.

% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir ./jalview-all-2.11.3.3-j1.8 && cd ./jalview-all-2.11.3.3-j1.8
% sudo curl -L -O https://www.jalview.org/downloads/jar/release/jalview-all-2.11.3.3-j1.8.jar 

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/jalview-all-2.11.3.3-j1.8
% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/jalview-all-2.11.3.3-j1.8

• On crée un simple script Bash, runJalview, pour l'exécuter via la ligne de commande en y insérant les l lignes suivantes:

#!/bin/sh
java -jar /opt/bio/sources/jalview-all-2.11.3.3-j1.8/jalview-all-2.11.3.3-j1.8.jar

• Il faut rendre ce script exécutable:

% sudo chmod +x runJalview

• Il reste à rendre Jalview disponible pour tous en éditant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter les lignes suivantes:

#
# Jalview specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jalview-all-2.11.3.3-j1.8

• Pour ajouter Jalview dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…