Installation de Fastp 0.24.0

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler Fastp avec succès:

• libdeflate-dev
• libisal-dev

% sudo apt install --no-install-recommends libdeflate-dev libisal-dev

• Il faut aller chercher le code source sur GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o fastp.0.24.0.tar.gz https://github.com/OpenGene/fastp/archive/refs/tags/v0.24.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf fastp.0.24.0.tar.gz
% sudo rm -rf fastp.0.24.0.tar.gz

• Il faut s'assurer que le répertoire fastp-0.24.0 appartient à root avec les bonnes permissions:

% sudo chown -R root:root ./fastp-0.24.0
% sudo chmod 755 ./fastp-0.24.0

• On procède à la compilation grâce à la commande make.

% cd fastp-0.24.0
% sudo make

• Pour accéder au programme, on modifie le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter les lignes suivantes:

#
# Fast specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/fastp-0.24.0