Instructions d'installation et de configuration de EMBOSS 6.6.0

NOTE : l'interface graphique Jemboss ne fonctionne plus avec Java 21, la version de Java utilisée dans Impilo… Le déboggage est possiblement réalisable mais le temps manque

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:

• libx11-dev
• libgd-dev
• libpng-dev
• libgd-tools
• libncurses-dev (nécessaire pour EMNU)
• libplplot-dev
• plplot12-driver-xwin
• libxaw7-dev (nécessaire pour la compilation de PHYLIP)
• libhpdf-dev
• ant (nécessaire pour le compilation du code java de Jemboss)
• libmysqlclient-dev (nécessaire pour qu'EMBOSS puisse être configurer pour la recherche de séquences sur ENSEMBL)
• libpcre3-dev

 % sudo apt install -–no-install-recommends libx11-dev libgd-dev libncurses-dev libpng-dev libplplot-dev plplot-driver-xwin libxaw7-dev libhpdf-dev ant libmysqlclient-dev libpam0g-dev libpcre3-dev

Deux détails importants:

• Assurez vous d'avoir le JDK de OpenJava, et non simplement le JRE. La distinction est importante: le JRE permet d'exécuter des applications Java mais le JDK vous permet de les construire.
  • Si vous avez suivi la procédure pour l'installation de l'environnement de développement, vous devriez être prêt!

• Comme EMBOSS contient des applications encadrant l'utilisation de ClustalW et de Primer3, ceux-ci devraient être installé avant.

Voici la procédure suivi pour l'installation de EMBOSS et de l'interface graphique Jemboss à partir du code source:

• L'archive du code source de EMBOSS a été téléchargé du site web et décompressé dans /opt/bio/sources.

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-6.6.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf EMBOSS-6.6.0.tar.gz 
% sudo rm -rf EMBOSS-6.6.0.tar.gz 

• Le dossier EMBOSS-6.6.0 devrait appartenir à root et ses permissions devraient être 755. Enfin, plongez dans le répertoire EMBOSS-6.6.0:

 
% sudo chown -R root:root ./EMBOSS-6.6.0 
% sudo chmod -R 755 ./EMBOSS-6.6.0 
% cd ./EMBOSS-6.6.0 

• Depuis la version 18.04_A18, les applications EMBASSY ne sont plus installées d'office. Donc:
  • Ou bien vous ne les installé pas et vous continuez à la prochaine étape;
  • Si vous voulez installer les applications EMBASSY, procéder auparavant à cette étape en annexe.
    • Il est important de les installer avant de procéder à l'installation d'EMBOSS à proprement parlé.

• Il faut faire un petit tour de passe-passe pour que le code Jemboss se compile sans erreur: il faut créer une lien symbolique pour que le compilateur retrouve un fichier qui a changé de place par rapport à une installation Java 8.
  • Version x86_64:

 
% sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64/include/linux/jni_md.h /usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64/include/jni_md.h 

• Si vous êtes sur une plateforme ARM64 (comme le Raspberry Pi), utilisez plutôt cette commande pour la compilation:

 
% sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-21-openjdk-arm64/include/linux/jni_md.h /usr/lib/jvm/java-21-openjdk-arm64/include/jni_md.h 

• La compilation se fait avec la valse usuelle:

 
#
# Évidemment, utiliser la bonne version de Java selon votre plateforme :-)
#
% sudo ./configure --with-x --enable-64 --prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 --with-java=/usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64 --with-javaos=/usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64/include
 
% sudo make && sudo make install 

• Ne soyez pas pressé, ça va prendre un certain temps…

• Il ne reste qu'à éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter ces lignes à la toute fin du fichier:

 
# 
# EMBOSS specific environment variables 
# 
export EMBOSS_HOME=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 
export PATH=$PATH:$EMBOSS_HOME/bin 
export EMBOSS_DATA=$EMBOSS_HOME/emboss/data 

• Une fois que l'installation s'est terminée, testez votre installation:

 
% source /etc/profile.d/impilo.sh 
% embossversion 
# Vous devriez voir ceci: 
Reports the current EMBOSS version number 6.6.0.0 

• Si au contraire, vous observez ceci, la solution est simple:

 
% embossversion 
embossversion: error while loading shared libraries: libnucleus.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory 
# Faite cette commande:
% sudo /sbin/ldconfig 

• Pour vous faciliter l'existence, créer un lien symbolique pour runJemboss.sh:

 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0/bin/runJemboss.sh /opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0/bin/runJemboss 

• Les applications EMBOSS (et EMBASSY si installées) sont maintenant disponibles via la ligne de commande. Pour Jemboss, il faut maintenant ajouter l'ajouter dans le menu Impilo > Applications d'usage général:
  • À venir…

• Pour démarrer Jemboss à partir de la ligne de commande:

 
% runJemboss & 

EMBOSS comprends des applications qui s'appuient sur des bases de données externes pour leur fonctionnement. Comme il est possible que d'autres applications dans le futur nécessitent ces mêmes bases de données, j'ai crée /opt/bio/data afin de centraliser la gestion de ces bases de données. Cependant, prenez note:

• La base de données The Codon Usage Tabulated from GenBank (CUTG) n'est pas incluse à cause de sa taille: plus de 2Gb! Vous devrez la télécharger vous-même et suivre les instructions générales ci-dessous pour installation via cutgextract.

• Pour TRANSFAC, comme aucune version publique n'existe (je sais, on peut en trouver des versions sur le Net mais ne compter pas sur moi pour les inclure…), elle n'existe pas dans Impilo. Si vous avez la chance d'être dans un labo riche, vous pouvez vous la procurer ici et utiliser tfextract.

• AAINDEX : base de données pour acides aminés
  • Site web: AAINDEX
  • Localisation des données:ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/aaindex/
  • Fichier(s) à télécharger: aaindex1 / aaindex2 / aaindex3
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/aaindex
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: aaindexextract

• JASPAR : base de données de sites reconnus par les facteurs transcriptionnels
  • Site web: JASPAR
  • Localisation des données: http://jaspar.genereg.net/downloads
  • Fichier(s) à télécharger: Archive.zip.
    • Après déplacement sous /opt/bio/data/jaspar et décompression, les fichiers sont sous Archive/all_data/FlatFileDir.
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/jaspar
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: jaspextract

• PROSITE : base de données de signatures protéiques
  • Site web: PROSITE
  • Localisation des données: ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/
  • Fichier(s) à télécharger: prosite.dat and prosite.doc
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/prosite
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: prosextract

• PRINTS : base de données de signatures protéiques
  • Site web: PRINTS
  • Localisation des données: ftp://ftp.bioinf.man.ac.uk/pub/prints/
  • Fichier(s) à télécharger: prints<version>.dat.gz
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/prints
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: printextract

• REBASE : base de données d'enzymes de restriction
  • Site web: REBASE
  • Localisation des données: ftp://ftp.neb.com/pub/rebase
  • Fichier(s) à télécharger: withrefm.<version> et proto.<version>
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/rebase
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: rebaseextract

EMBOSS utilise des applications d'indexage qui prennent le contenu de ces diverses bases de données pour créer des indexes utilisables par les divers programmes qui en ont besoin. Une procédure très générale utilise ces étapes:

• Déplacer vers le répertoire de la base de données à indexer dans /opt/bio/data.

• Vous devez non seulement agir comme root mais être root; agir via sudo n'est pas suffisant:

 
% sudo su 

• Une fois que vous êtes root, vous devez simplement appeler l'indexeur approprié pour la base de données à indexer et à suivre les instructions! À la suite de l'indexage, les applications demandant cette base de données devraient maintenant fonctionner tel que désiré.

• Notez bien que les étapes qui suivent doivent être effectuées avant la compilation de EMBOSS.

• Assurez vous d'être dans le répertoire racine pour EMBOSS 6.6.0 et créez un répertoire appellé embassy, avec les mêmes permissions que le répertoire racine et plongez-y:

 
% cd /opt/bio/sources/emboss-6.6.0 
% mkdir embassy 
% sudo chown -R root:root ./embassy
% cd embassy 

• Les applications EMBASSY peuvent être obtenu du site suivant: ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/. Voici la liste des applications EMBASSY actuellement disponibles:
  • CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz
  • CLUSTALOMEGA-1.1.0.tar.gz
  • DOMAINATRIX-0.1.650.tar.gz
  • DOMALIGN-0.1.650.tar.gz
  • DOMSEARCH-0.1.650.tar.gz
  • EMNU-1.05.650.tar.gz
  • ESIM4-1.0.0.650.tar.gz
  • HMMER-2.3.2.650.tar.gz
  • IPRSCAN-4.3.1.650.tar.gz
  • MEME-4.7.650.tar.gz
  • MSE-3.0.0.650.tar.gz
  • PHYLIPNEW-3.69.650.tar.gz
  • SIGNATURE-0.1.650.tar.gz
  • STRUCTURE-0.1.650.tar.gz
  • TOPO-2.0.650.tar.gz
  • VIENNA-1.7.2.650.tar.gz

 
# 
# Faites de meme pour toutes les autres applications EMBASSY... 
# 
% sudo curl -L -O ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz 
# 
# Utiliser le shell pour décomprimer le tout… 
#
% for i in `ls`; do sudo tar -zxvf $i && sudo rm $i;done 

• Pour utiliser les applications EMBASSY, il vous faudra vous rendre dans chaque répertoire sous embassy pour compiler les compilées. Par exemple:

 
% cd ./embassy/CBSTOOLS-1.0.0 
% sudo ./configure –with-x –enable-64 –prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 
% sudo make && sudo make install 

• Si vous êtes dans le répertoire embassy, ceci est une alternative utile:

 
% for i in in `ls`; do cd $i && sudo ./configure –with-x –enable-64 –prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 && sudo make && sudo make install && cd ..;done