Installation de CLUSTALW 2.1

• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire pour cette installation.

Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTALW à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web sous /opt/bio/sources/ et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf clustalw-2.1.tar.gz
% sudo rm -rf clustalw-2.1.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./clustalw-2.1
% sudo chmod 755 ./clustalw-2.1

• SI vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes avant de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ./configure puisse fonctionner:

% cd ./clustalw-2.1
% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ./clustalw-2.1, la compilation se fait simplement:

% cd ./clustalw-2.1
% sudo ./configure --prefix=/opt/bio/sources/clustalw-2.1 && sudo make && sudo make install

• La commande sudo make install crée un répertoire /opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin qui contient les exécutables; il faut éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

#
# ClustalW2 specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin