Installation de CLUSTAL OMEGA 1.2.4

Les librairies suivantes sont nécessaires:

• libargtable2-dev

% sudo apt-get -y install libargtable2-dev

Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTAL OMEGA à partir du code source:

• On se dirige vers /opt/bio/sources et on exécute les commandes suivantes en tant que sudoer:

% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz
% sudo tar -zxvf clustal-omega-1.2.4.tar.gz
% sudo rm -rf clustal-omega-1.2.4.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./clustal-omega-1.2.4
% sudo chmod 755 ./clustal-omega-1.2.4

• SI vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes avant de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ./configure puisse fonctionner:

% cd ./clustal-omega-1.2.4
% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier clustal-omega-1.2.4, la compilation se fait simplement:

% cd ./clustal-omega-1.2.4
% sudo ./configure --prefix=/opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4 && sudo make && sudo make install

• La commande sudo make install crée un répertoire /opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4 qui contient les exécutables; il faut éditer plutôt le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

#
# Clustal OMEGA specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4/bin