Installation de Bedtools 2.31.1

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:

• libbz2-dev
• python-is-python3

% sudo apt install --no-install-recommends libbz2-dev python-is-python3

• Il faut aller chercher le code source sur GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o bedtools2.v2.31.1.tar.gz https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/refs/tags/v2.31.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf bedtools2.v2.31.1.tar.gz
% sudo rm -rf bedtools2.v2.31.1.tar.gz

• Il faut s'assurer que le répertoire bedtools2 appartient à root avec les bonnes permissions:

% sudo chown -R root:root ./bedtools2-2.31.1
% sudo chmod 755 ./bedtools2-2.31.1

• Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans le fichier est bedtools2-2.31.1/src/utils/general/ParseTools.h qu'on ouvre avec “nano” pour faire la modification:

 
% cd ./bedtools2-2.31.1
% nano ./src/utils/general/ParseTools.h
#
# On change les lignes suivantes:
#
#include <cstring> //for memset
#include <limits>
#include <string>
#include <algorithm>
#include <vector>
#include "string.h"
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#
# ... pour ceci:
#
#include <cstring> //for memset
#include <limits>
#include <string>
#include <algorithm>
#include <vector>
#include "string.h"
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <cstdint>

• On procède à la compilation grâce à la commande make.

% cd bedtools2-2.31.1
% sudo make

• Pour accéder au programme, on modifie le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter les lignes suivantes:

#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bedtools2-2.31.1/bin