Installation de Artemis 18.2.0

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette. Depuis cette nouvelle version d'Artemis, il existe une dépendance stricte à une version de Java supérieure à Java 8.

Voici la procédure suivi pour l'installation des outils d'Artemis:

• Il faut télécharger l'archive du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources. Vous trouverez un dossier nommé artemis.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/sanger-pathogens/Artemis/releases/download/v18.2.0/artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz
% sudo rm -rf artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./artemis
% sudo chmod 755 ./artemis

• Il reste à rendre les outils d'Artemis disponible pour tous en éditant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:

#
# Artemis specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/artemis

• Artemis devient accessible simplement avec la commande suivante:

% art

• Pour ajouter les outils d'Artemis dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…